Impact des duplications du génome du colza (Brassica napus L. ) sur l’organisation des régions génomiques impliquées dans la résistance quantitative à Leptosphaeria maculans

par Berline Fopa Fomeju

Thèse de doctorat en Biologie et agronomie

Sous la direction de Régine Pellan-Delourme.


  • Résumé

    Toutes les espèces végétales cultivées sont des polyploïdes récents ou anciens et possèdent des génomes plus ou moins dupliqués. Suite à un évènement de polyploïdisation, des modifications structurales ou fonctionnelles conduisent à des contenus en gène ou des régulations des copies des gènes différents entre les régions dupliquées. Ces événements peuvent être une source importante de diversification des gènes contrôlant les caractères complexes. Pour mieux comprendre le fonctionnement des facteurs génétiques contrôlant les caractères d’intérêt agronomique, il est donc nécessaire de les étudier en tenant compte des duplications présentes au sein du génome. Nous avons traité cette thématique chez le colza, une espèce au génome hautement dupliqué, avec l’objectif d’étudier l’impact des duplications sur l’organisation structurale et fonctionnelle des régions génomiques impliqués dans la résistance quantitative au Phoma. De nombreuses régions génomiques ont été identifiées confirmant la nature très polygénique de cette résistance. Leur distribution est quasi équivalente entre les génomes A et C du colza mais biaisée entre les sous-génomes issus de la triplication ancienne des Brasicas. Au moins 44 % des régions génomiques correspondent à des régions homéologues dupliquées de cinq blocs synténiques d’Arabidopsis thaliana. L’analyse génomique comparative avec A. Thaliana a montré que beaucoup des gènes maintenus dans plusieurs régions dupliqués sont impliqués dans la réonse au stress, ce qui converge avec les résultats obtenus dans d’autres espèces. La génomique comparative nous a également permis de dégager des hypothèses quant aux fonctions sous-jacentes aux régions impliquées dans la résistance quantitative du colza au Phoma.

  • Titre traduit

    How duplications in oilseed rape (Brassica napus L. ) genome impact the organization of genomic regions involved in quantitative resistance to Leptosphaeria maculans


  • Résumé

    All crop species are recent or ancient polyploids and have more or less duplicated genomes. Following polyploidy events, structural and functional modifications result in differential gene content or regulation in the duplicated regions, which can play a fundamental role in the diversification o the genes underlying complex traits. To better understand the functioning of the genetic factors controlling the agronomic traits, I is necessary to analyze them in the light of the duplications in the genome. We have addressed this issue in oilseed rape, a species with a highly duplicated genome, with the aim of studying the consequences of genome duplications on the structural and functional organization of the genomic regions involved in quantitative resistance to stem canker. Numerous genomic regions were identified, which confirmed the high polygenic nature of this resistance. Their distribution was quite equivalent between A and C genomes of oilseed rape but a bias was observed in relation with the subgenomes deriving from the ancestral triplication event of Brassica clad. A least 44 % of the genomic regions corresponded to homologous duplicated regions of five Arabidopsis thaliana syntetic blocks. A comparative genomic analysis with A. Thaliana showed that many genes maintained in several duplicated regions were involved in the stress response, which converges with the results obtained in other species. Comparative genomics also allowed us to draw hypotheses on the function of genes underlying the QTL located in these genomic regions.

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Informations

  • Détails : 1 vol. 106 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. (1-18 p.)

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  • Bibliothèque : AGROCAMPUS OUEST. Bibliothèque Générale de Rennes.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : C 114
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