Apport des données d’expression génique à la cartographie de QTL chez les espèces d’élevage
Auteur / Autrice : | Xiaoqiang Wang |
Direction : | Pascale Le Roy |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biologie et agronomie |
Date : | Soutenance en 2011 |
Etablissement(s) : | Rennes, Agrocampus Ouest |
Mots clés
Mots clés libres
Résumé
La recherche du polymorphisme causal d’un QTL est une étape encore longue et difficile dans la plupart des espèces d’animaux domestiques. Dans ce cadre, ce travail porte sur l’intégration d’informations à haut débit sur l’expression des gènes dans un tissu. La démarche traditionnelle consiste à détecter des QTL sur ces données d’expression de gènes (détection de eQTL) en mettant en oeuvre, gène par gène, des méthodes de cartographie d’intervalle. Hors, il apparaît qu’il existe un biais sur la position estimée des QTL, biais aboutissant sur ces données de grande dimension à un nombre anormalement élevé de eQTL détectés sur les positions des marqueurs. La première partie de ce travail vise à caractériser ce biais afin de proposer des itinéraires pour mieux le maîtriser. Les paramètres affectant le biais sont étudiés, puis un algorithme pour améliorer l’estimation de la position du QTL est proposé. Dans une seconde partie, le test de la co localisation entre eQTL et QTL est abordé. L’objectif est de réduire la liste des eQTL déclarés « colocalisant » avec un QTL afin de permettre le passage à une étude individuelle de ces gènes. Dans ce contexte, les conditions favorables pour assurer l’efficacité des méthodes de régression existant dans la littérature sont recherchées. Des méthodes permettant de lever ces éventuelles conditions sont ensuite proposées. Enfin, en perspectives de ce travail, nous proposons des pistes de recherche pour l’utilisation des modèles d’équations structurelles (Structural Equation Modeling) pour finaliser la construction d’un réseau unissant QTL, eQTL et caractères.