Thèse en cours

Epidémiologie des infections fongiques invasives et impact de la résistance aux antifongiques dans la population générale hospitalière et chez les patients immunodéprimés à La Réunion.
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Auteur / Autrice : Laure Kamus
Direction : Patrick MavinguiFanny Lanternier
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Bio Med Santé
Date : Inscription en doctorat le 01/01/2023
Etablissement(s) : La Réunion
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences, Technologies et Santé
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical

Résumé

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Les infections fongiques invasives (IFI) ont considérablement augmenté ces dernières années et représentent actuellement un problème mondial de santé publique. Les IFI sont une cause majeure de morbidité et de mortalité dans la population générale et plus particulièrement chez les patients immunodéprimés (ex : patients transplantés) mais aussi chez les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs. Dans la plupart des cas, il s'agit de candidoses invasives, ou de fongémies causées par des levures du genre Candida (candidémies) et plus particulièrement l'espèce C. albicans. Chez les patients transplantés, les deux principales étiologies d'IFI, sont l'aspergillose à Aspergillus fumigatus et la pneumocystose à Pneumocystis jirovecii. Néanmoins, la prévalence des IFI causées par d'autres levures (C. non albicans) et d'autres champignons filamenteux (A. non fumigatus, Mucorales, Fusarium etc.) ne cesse d'augmenter. De plus, ces infections ne faisant pas partie des maladies à déclaration obligatoire, leur incidence est mal connue. La Réunion est depuis plusieurs années un centre de greffes rénales, d'allogreffes de moelle osseuse et prochainement de greffes cardiaques, générant une population de patients immunodéprimés conséquente susceptible de développer ces IFI. La situation géographique et le climat tropical de l'Océan Indien pourrait favoriser la présence de ces infections ainsi que le développement d'agents fongiques plutôt rares de type phaéohyphomycoses pouvant être pathogènes chez l'Homme surtout chez les patients immunodéprimés. Cependant, l'incidence et l'épidémiologie des infections fongiques à La Réunion ne sont pas connues et les données manquent sur les espèces de levures ou champignons filamenteux en causes dans ces infections ainsi que leur profil de sensibilité aux antifongiques. Il apparait donc nécessaire d'apporter des réponses afin d'améliorer la prise en charge des patients à La Réunion. L'objectif principal de ce travail est de déterminer l'épidémiologie des IFI dans la population générale et chez les patients immunodéprimés à La Réunion. Les objectifs secondaires sont : d'évaluer le profil de résistance des pathogènes responsables d'IFI et l'impact des traitements prophylactiques ou curatifs à La Réunion ; d'étudier les cas d'infections fongiques invasives à pathogènes émergents ; et de comparer l'épidémiologie locale à celle des pays de la zone Océan Indien ainsi qu'aux autres Départements d'Outre-Mer. La connaissance de ces données épidémiologiques permettrait de développer des stratégies de diagnostic, de traitement et de prévention ciblées chez ces patients. Aspects fondamentaux : - Recueil rétrospectif des données épidémiologiques sur les infections fongiques invasives à La Réunion depuis janvier 2015 (microbiologique et clinique) - Recueil prospectif des données épidémiologiques à partir de l'année 2023 - Etudes des profils de résistance trouvés sur les différentes levures et filamenteux responsables d'infections invasives (particularités envisagées : C. parapsilosis, C. auris) - Comparaison des données de La Réunion aux autres DOM, à la zone Océan Indien (Madagascar, Maurice, Rodrigues) ainsi qu'à la Métropole. - Etudes des cas de pneumocystoses et d'aspergilloses invasives (contexte, traitement, diagnostic) Aspects appliqués : -Recueil des souches o Cryobilles pour les filamenteux o Tubes gélosés pour les levures - Analyse par spectrométrie de masse (MALDI-TOF) pour identification des levures - Analyse par spectrométrie de masse (MALDI-TOF) et examen direct au bleu de lactophénol pour identification des champignons filamenteux - Antifongigrammes o Levures : antifongigramme par microdilution en milieu liquide : Sensititre Yeast One (Thermo Fisher Scientific) o Filamenteux : antifongigramme en E-test sur milieux RPMI (boite ronde) (bioMérieux) = Envoi au CNR dans un premier temps = Réalisation dans notre laboratoire ou au CNR dans un second temps - Analyse d'hétérorésistance - Biologie moléculaire sur nos souches o Séquençage par la plateforme du CHUFG (Illumina, Sanger etc.) = Séquençage ITS = Séquençage génome entier o Analyse bio-informatique (confirmation d'identification d'espèce, génotypage,…) o Etude des gènes de résistances (résistome) o Etude des gènes de virulences (virulome)