caractérisation du patrimoine génétique des caféiers dans les systèmes agroforestiers Haïtiens

Characterization of coffee plant genetic resources in Haitian agroforestry systems

• Auteur / Autrice : Claude patrick Millet
• Direction : Pierre Marraccini
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : BIDAP-Biologie et Amélioration des plantes
• Date : Inscription en doctorat le 01/01/2022
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....) en cotutelle avec Université Quisqueya
• Ecole(s) doctorale(s) : Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : DIADE - Diversité, Adaptation et DEveloppement des plantes
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Anthropisation de DYNAmique de la DIVersité Génétiques des Plantes

Mots clés

Mots clés libres

Haiti

Patrimoine génétique

Caractérisation variétale

Café

Agroforestry

Haiti

Varieties

Coffee

Genetic resources

Résumé

En Haïti, la culture du caféier représente une part considérable de la production agricole du pays. Environ 200 000 familles en dépendent pour leur subsistance. La culture des caféiers se fait dans des systèmes agroforestiers (SAFC), les “jardins créoles”, qui fournissent également de nombreux services écosystémiques et favorisent le maintien du couvert forestier sur les bassins versants. Pour de nombreuses raisons (politiques, socio-économiques, environnementale et climatique), cette caféiculture est en déclin depuis plusieurs décennies. Dans ce contexte, la valorisation du patrimoine génétique des caféiers haïtiens de l'espèce Coffea arabica apparaît comme une opportunité pour la conception de systèmes agroforestiers diversifiés durables, répondant à la fois aux enjeux écologiques et économiques que doivent affronter localement les producteurs. Cette thèse a pour objectifs (i) d'augmenter les connaissances scientifiques des caféiers haïtiens, (ii) dereplacer la d iversité variétale et génétique des caféiers dans leur contexte historique et(iii ) de caractériser les différents niveaux de diversité dans les SAFC. Elle s'articulera autour de trois axes visant à répondre aux questions de recherche suivantes : Chapitre 1. Caractérisation de la diversité génétique des caféiers dans les SAFC Haïtiens Q1.1 Quelle diversité existe-t-il parmi les caféiers Arabica dans les SAFC haïtiens ? Q1.2 Comment est structurée la diversité génétique des caféiers dans les SAFC haïtiens actuels ? Chapitre 2. Caractérisation comparée du patrimoine génétique des caféiers Caribéens ; cas d'Haïti et de la Guadeloupe Q2.1 Comment se comparent les peuplements de caféiers Haïtiens et Guadeloupéens ? Q2.2 Quel rôle a joué le contexte historique ? Chapitre 3. Caractérisation de la structure et dynamique de la diversité dans les SAFC Q3.1 Comment se caractérisent la structure et la dynamique de la diversité dans les SAFC Q3.2 Quel impact cela a -t'il sur la productivité des caféiers Q3.3 Comment cette diversité participe-t'elle à la délivrance de services écosystémiques ? Pour répondre à ces questions, la thèse emploiera l'analyse de données de génotypage ainsi que l'exploitation de bases de données sur la composition, productivité, santé et gestion des SAFC

Coffee cultivation is important to Haitian rural economy, contribution to the livelihood of approximatly 200 000 families. en dépendent pour leur subsistance. Haitian Coffee-growing agroforestry systems (CAFs) have varying complexity, are diverse, and contribute to several key ecosystem services, as they incentivize maintaining forest cover on hillsides. Due to a variety of reasons (political, socio-economic, ecological and climate change-related), Haitian CAF productivity has declined greatly over the past decades. In this context, the characterization of Haitian coffee genetic resources may constitute an opportunity to enhance the sustainability and economic viability of agroforestry systems, making them more resilient and better able to respond to farmers' needs. To that end, this PhD project aims to (i) increase knowledge of Haitian varietal and genetic diversity and structure, (ii) increase understanding of the historical context leading to it, and (iii) to characterize the diversity of CAFs at various levels and in various aspects. This will be done along three main research axes investigating the following questions: Chapter 1. Characterization of coffee genetic diversity and structure in Haitian CAFs Q.1.1: How diverse (genetically and in terms of varieties) are Arabica coffee stands in Haitian CAFs? Q1.2 : How is this diversity structured? Chapitre 2. Comparative characterization of coffee in Haitian and Guadeloupean CAFs Q2.1 : How do the genetic and varietal compositions of Haiti and Guadeloupe's CAFs compare? Q2.2 : What are some historical reasons for this ? Chapitre 3. Characterization of the structure and levels of diversity in Haitian CAFs Q3.1 What are the dynamics of diversity in Haitian CAFs, and at what levels (species, intra-specific – for coffee, etc.) are they structured? Q3.2 What is the impact on coffee tree productivity? Q3.3 How does this diversity support delivery of ecosystem services? In order to explore these questions, this PhD thesis will rely on genetic analyses as well as a database with composition, productivity, pest and disease, and management of CAFs