Thèse soutenue

Étude des gènes de résistance aux antibiotiques d'intérêt clinique au sein d'un réseau trophique marin
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Auteur / Autrice : Erwan Bourdonnais
Direction : Graziella MideletThomas Brauge
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences agronomiques et écologiques, spécialité Biotechnologies agroalimentaires, science de l'aliment
Date : Soutenance le 02/12/2022
Etablissement(s) : Littoral
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences, technologie et santé (Amiens)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort et de Boulogne-sur-Mer - Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail
Financeur : Pôle métropolitain de la Côte d'Opale - Hauts-de-France. Conseil régional
: Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail
Jury : Président / Présidente : Sébastien Monchy
Examinateurs / Examinatrices : Graziella Midelet, Thomas Brauge, Gwenaelle Le Blay Laliberte, Xavier Bellanger, Jean-Yves Madec, Cédric Le Bris, Sandrine Guillou
Rapporteurs / Rapporteuses : Gwenaelle Le Blay Laliberte, Xavier Bellanger

Résumé

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La résistance aux antimicrobiens est une préoccupation pour la santé humaine mais est peu étudiée dans le milieu marin comparé au milieu terrestre. Les gènes de résistance aux antimicrobiens (GRA) peuvent disséminer jusqu’au milieu marin, récepteur final d’effluents contaminés par les activités humaines. L’objectif de ces travaux a été d’étudier l’occurrence de quatre gènes indicateurs de résistance aux antimicrobiens, tetA, blaTEM, sul1 et intI1, dans un réseau trophique benthique et les eaux de surface. D’abord, des outils de biologie moléculaire ont été mis au point pour quantifier les gènes indicateurs de la résistance aux antimicrobiens dans des échantillons représentatifs d’un réseau trophique benthique et des échantillons d’eau. Cela incluait de valider des protocoles de filtration d’eau, d’extraction d’ADN bactérien total à partir d’échantillons de plancton, de mollusques bivalves, de poissons plats et d’eau ainsi que l’optimisation de qPCR ciblant les quatre gènes indicateurs. Ces protocoles ont été appliqués à des échantillons prélevés dans la Manche/Mer du Nord (représentatifs du réseau trophique benthique et de l’eau de mer) et à des échantillons d’eaux fluviales et côtières. Les gènes avaient une prévalence globale de 81,7 % dans ces échantillons avec une abondance plus élevée dans le fleuve et les zones soumises à l’anthropisation. Une prévalence plus élevée des gènes sul1 et intI1 a été observée dans l’ensemble des échantillons par rapport aux gènes tetA et blaTEM. Une accumulation des gènes indicateurs de résistance aux antimicrobiens a été constatée dans la chair des mollusques, la peau et les branchies des poissons. Certains facteurs environnementaux mesurés dans l’eau de mer comme la turbidité et la saturation en oxygène étaient corrélés à l’abondance des gènes indicateurs de la résistance aux antimicrobiens. De plus, afin d’identifier de nouveaux gènes indicateurs pour les échantillons marins, une méthode de métagénomique fonctionnelle a été développée sur des souches témoins de V. parahaemolyticus isolées de produits de la pêche et résistantes aux antibiotiques. Cette technique a permis d’identifier des GRA connus comme tetA, sul2 et strA. Le séquençage complet de l’ADN génomique des souches a révélé pour la première fois la présence du gène blaOXA-SHE dans une souche de V. parahaemolyticus.