Thèse en cours

NOUVELLES APPROCHES BIO-INFORMATIQUES DANS LES ETUDES D'ASSOCIATION PANGENOMIQUE DES TROUBLES PSYCHIATRIQUES : IMPUTATION HLA ET IMPUTATION TRANSCRIPTOMIQUE.
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Auteur / Autrice : Laura Lombardi
Direction : Marion LeboyerJean-François Zagury
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Biologie cellulaire et moléculaire
Date : Inscription en doctorat le 02/11/2020
Etablissement(s) : Paris 12
Ecole(s) doctorale(s) : Ecole doctorale Sciences de la Vie et de la Santé
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : IMRB - Institut Mondor de Recherche Biomédicale
Equipe de recherche : Eq LEBOYER - NeuroPsychiatrie Translationnelle

Résumé

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L'interaction des facteurs immunogénétiques et environnementaux conduit à de l'inflammation et des perturbations immunitaires qui ont été associées aux maladies psychiatriques comme la schizophrénie (SCZ), les troubles bipolaires (TB) ou les troubles du spectre autistique (TSA). Des études d'associations génomiques (GWAS) sur des cohortes internationales ont confirmé le fort impact de la région du complexe majeur d'histocompatibilité mais sans pouvoir identifier précisément les variants HLA en jeu. L'objectif de notre étude est d'utiliser des outils bioinformatiques récents pour réanalyser les données génétiques de ces cohortes exceptionnelles et 1. identifier par imputation du HLA les variants impliqués dans ces associations, et 2. faire aussi de l'imputation transcriptomique pour comprendre quelles protéines sont impliquées dans ces maladies. L'imputation HLA sera faite avec les logiciels SNP2HLA et HLA-Check qui permettent d'inférer précisément les variants HLA (allèles classiques et acides aminés des molécules HLA) à partir des SNPs d'un individu. L'imputation transcriptomique sera faite avec le logiciel prediXcan qui s'appuie sur les eQTL de la base de données GTex dans laquelle on pourra choisir par exemple les tissus nerveux ou les cellules immunitaires. Les données d'expression seront croisées avec les résultats d'associations GWAS pour trouver les SNP fonctionnels les plus pertinents. Notre Laboratoire dispose des données SNPs de 38 131 cas atteint de SCZ vs 114 674 contrôles, à 2 cohortes de 1162 et 1401 patients bipolaires prenant du lithium, ainsi qu'à des cohortes de patients TSA et de leurs familles. Nous collaborerons avec le Laboratoire GBCM expert en bioinformatique pour les techniques indiquées. L'imputation HLA et l'imputation transcriptomique doivent permettre de trouver de nouvelles associations et mieux comprendre les mécanismes moléculaires de ces maladies. Ce travail pourrait ouvrir de nouvelles perspectives de diagnostic ou thérapeutiques.