Thèse en cours

Origine des plasmides et coévolution des pathogènes porteurs dans une espèce bactérienne modèle, Bacillus anthracis : apport de la métagénomique
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Auteur / Autrice : Mehdi Abdelli
Direction : Jacques Oberto
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Évolution
Date : Inscription en doctorat le 01/11/2020
Etablissement(s) : université Paris-Saclay
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : I2BC - Institut de Biologie Intégrative de la Cellule
référent : Faculté des sciences d'Orsay

Résumé

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La virulence de la bactérie hautement pathogène Bacillus anthracis est portée en large part par des plasmides. Le génome de cette bactérie résulte en effet d'un assemblage chromosome-plasmide perpétué par l'existence de conditions favorables au maintien de la bactérie pathogène dans un écosystème. Les éléments de connaissance actuels ne permettent pas d'établir le lieu d'origine de cet assemblage. D'où viennent ces plasmides ? Où sont les niches écologiques ? L'existence de plasmides similaires au sein d'espèces bactériennes voisines (Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus) est une indication encourageante à la reconstitution de telles chronologies encore très incomplètes. Dans l'hypothèse où les conditions écologiques de tels assemblages n'auraient pas disparu de notre biosphère, nous projetons de rechercher l'information manquante en exploitant de manière originale l'énorme masse des données de métagénomique environnementale issues des technologies de séquençage massif.