Thèse en cours

Déchiffrer le réseau moléculaire contrôlant la pluripotence du porc
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Auteur / Autrice : Adrien Dufour
Direction : Hervé Acloque
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : Biologie du développement
Date : Inscription en doctorat le 01/12/2020
Etablissement(s) : université Paris-Saclay
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Génétique animale et biologie intégrative (Jouy-en-Josas,Yvelines ; 2009-....)
Equipe de recherche : Génétique, Microbiote, Santé (GeMS)
référent : Faculté des sciences d'Orsay

Résumé

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Les changements globaux actuels (réchauffement climatique, disponibilité des ressources agricoles, perception sociétale de l'élevage, importance sanitaire des zoonoses) nous obligent à repenser nos systèmes de production. La pression des productions animales sur les écosystèmes doit être réduite, la sécurité alimentaire et sanitaire doit être augmentée et le bien-être animal en élevage doit être mieux pris en charge. Pour atteindre ces objectifs globaux, l'intégration de la dimension numérique pour la gestion des élevages est indispensable. Son couplage à des systèmes cellulaires innovants permettra d'évaluer en haut-débit des phénotypes difficilement mesurables en élevage sur des animaux vivants, et donc d'acquérir des quantités de données adaptées aux méthodologies développées pour le « big data ». Cette stratégie réduit également le recours à l'expérimentation animale en accord avec la règle des 3R (Remplacer, Réduire, Affiner). Nous proposons, dans le cadre de cette thèse, d'utiliser la dimension numérique à partir de données multi-omics à l'échelle de la cellule-unique et du tissu pour prédire les molécules nécessaires et suffisantes au maintien de la pluripotence porcine et de transférer ces connaissances pour la production et l'utilisation de lignées de cellules souches pluripotentes (PSCs) porcine pour des applications en santé animale et humaine. Grâce à ces données, notre objectif est de caractériser les populations cellulaires embryonnaires et leurs évolutions, d'identifier les états cellulaires et les réseaux de régulation génique actifs dans les cellules souches pluripotentes. Nous identifierons également les voies de signalisation qui contrôlent les états de pluripotence dans l'embryon afin d'établir la meilleure combinaison de cytokines et d'inhibiteurs nécessaires pour la dérivation de cellules souches pluripotentes à partir de blastocystes ex-vivo ou par reprogrammation somatique.