Thèse soutenue

Reconstruction d'arbres de transmission de la tuberculose bovine dans un système multi-hôtes en France : intégration de données génomiques et épidémiologiques
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Auteur / Autrice : Hélène Duault
Direction : Benoît DurandLaetitia Canini
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Epidémiologie
Date : Soutenance le 03/10/2023
Etablissement(s) : université Paris-Saclay
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé Publique
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de santé animale (Maisons-Alfort, Val de Marne)
référent : Faculté de médecine
graduate school : Université Paris-Saclay. Graduate School Santé publique (2020-....)
Jury : Président / Présidente : Lulla Opatowski-Mezrahi
Examinateurs / Examinatrices : Lulla Opatowski-Mezrahi, Samuel Alizon, Pauline Ezanno, Julien Thézé
Rapporteurs / Rapporteuses : Samuel Alizon, Pauline Ezanno

Mots clés

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Résumé

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La plupart des agents pathogènes peuvent infecter plusieurs espèces. Dans un système multi-hôtes, bien comprendre le rôle de chaque espèce est essentiel afin de mettre en place des mesures de prévention et de contrôle. Cependant, l'étude de systèmes multi-hôtes impliquant la faune sauvage (comme la tuberculose bovine ou bTB en France) peut être compliquée par des biais d'observation. Notre objectif était d'investiguer l'impact de ces biais dans l'estimation de la contribution de chaque espèce dans un système multi-hôtes, à partir de deux approches combinant des données génomiques et épidémiologiques. L'une reconstruit l'histoire évolutive de sous-populations de pathogènes, l'autre l'histoire de transmission individuelle. Nous avons commencé par reconstruire les états ancestraux dans un système bovins-blaireaux de bTB qui nous a permis d'estimer de rares évènements de transitions inter-espèces (à partir du blaireau). Nous avons ensuite répertorié et décrit 22 méthodes permettant la reconstruction d'arbres de transmission. Enfin, nous avons évalué les performances de trois de ces méthodes sur des données simulées dans un système à trois espèces-hôtes, avec ou sans biais d'observation. Les performances des méthodes étaient impactées négativement par le taux d'évolution lent (caractéristique de Mycobacterium bovis) et la complexité du système épidémiologique mais peu par les biais d'observation. Ce travail de thèse souligne l'importance de tester et de développer des méthodes de reconstruction d'arbres de transmission adaptées à des systèmes multi-hôtes.