Auteur / Autrice : | Hélène Duault |
Direction : | Benoît Durand, Laetitia Canini |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Epidémiologie |
Date : | Soutenance le 03/10/2023 |
Etablissement(s) : | université Paris-Saclay |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Santé Publique |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Laboratoire de santé animale (Maisons-Alfort, Val de Marne) |
référent : Faculté de médecine | |
graduate school : Université Paris-Saclay. Graduate School Santé publique (2020-....) | |
Jury : | Président / Présidente : Lulla Opatowski-Mezrahi |
Examinateurs / Examinatrices : Lulla Opatowski-Mezrahi, Samuel Alizon, Pauline Ezanno, Julien Thézé | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Samuel Alizon, Pauline Ezanno |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
La plupart des agents pathogènes peuvent infecter plusieurs espèces. Dans un système multi-hôtes, bien comprendre le rôle de chaque espèce est essentiel afin de mettre en place des mesures de prévention et de contrôle. Cependant, l'étude de systèmes multi-hôtes impliquant la faune sauvage (comme la tuberculose bovine ou bTB en France) peut être compliquée par des biais d'observation. Notre objectif était d'investiguer l'impact de ces biais dans l'estimation de la contribution de chaque espèce dans un système multi-hôtes, à partir de deux approches combinant des données génomiques et épidémiologiques. L'une reconstruit l'histoire évolutive de sous-populations de pathogènes, l'autre l'histoire de transmission individuelle. Nous avons commencé par reconstruire les états ancestraux dans un système bovins-blaireaux de bTB qui nous a permis d'estimer de rares évènements de transitions inter-espèces (à partir du blaireau). Nous avons ensuite répertorié et décrit 22 méthodes permettant la reconstruction d'arbres de transmission. Enfin, nous avons évalué les performances de trois de ces méthodes sur des données simulées dans un système à trois espèces-hôtes, avec ou sans biais d'observation. Les performances des méthodes étaient impactées négativement par le taux d'évolution lent (caractéristique de Mycobacterium bovis) et la complexité du système épidémiologique mais peu par les biais d'observation. Ce travail de thèse souligne l'importance de tester et de développer des méthodes de reconstruction d'arbres de transmission adaptées à des systèmes multi-hôtes.