Dynamique des communautés procaryotiques actives dans l'élevage larvaires de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris : influence des intrants et identification de biomarqueurs bactériens de la santé des larves

Dynamics of prokaryotic communities active in larval rearing of the Pacific blue shrimp, Penaeus stylirostris : influence of inputs and identification of bacterial biomarkers of larval health

• Auteur / Autrice : Carolane Giraud
• Direction : Viviane Boulo, Nazha Selmaoui
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des populations et écologie. Écologie microbienne
• Date : Soutenance le 26/04/2023
• Etablissement(s) : Nouvelle Calédonie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale du Pacifique (Faaa)
• Partenaire(s) de recherche : Equipe de recherche : Délégation Ifremer de la Nouvelle-Calédonie - Unité de Recherche Lagons, Ecosystèmes et Aquaculture Durable (LEAD)
• Jury : Président / Présidente : Yves Letourneur
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Yves Letourneur, Benjamin Olivier Misson, Ludwig Jardillier, Nolwenn Callac, Pierre E. Galand, Christine Paillard
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Benjamin Olivier Misson, Ludwig Jardillier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Écologie microbienne

Crevettes

Penaeus

Crevetticulture

Mots clés libres

Communautés procaryotiquecs actives

Biomarqueurs bactériens

Élevages larvaires

Crevette bleue du Pacifique

Penaeus stylirostris

Méta-analyse

Active prokaryotic communities

Bacterial biomarkers

Larval breeding

Pacific blue shrimp

Penaeus stylirostris

Meta-analysis

Résumé

En Nouvelle-Calédonie, l'élevage de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris, est une activité socIo­ économique majeure. Cependant, depuis 2005, des mortalités larvaires massives non expliquées dans les écloseries menacent la pérennité des productions. L'eau de mer lagonaire, utilisée pour les élevages;possède des caractéristiques physico-chimiques et des assemblages microbiens susceptibles de varier en fonction de facteurs naturels et anthropiques. Or la qualité de l'eau et les microorganismes associés aux élevages influencent les survies larvaires. Cette thèse a donc eu pour objectif de déterminer si les variations des communautés procaryotiquecs actives associées aux élevages pouvaient expliquer les mortalités larvaires observées. Les travaux menés ont mis en évidence l'implication de transmissions verticales et horizontales au cours de la mise en place du microbiote larvaire. Puis, l'identification d'un core microbien, associé à l'ensemble des échantillons considérés et initialement présent dans les œufs et les eaux de remplissage des bacs, a suggéré un impact durable de ces transmissions au cours du développement, et ce indépendamment de l'état de santé des élevages. Une eutrophisation de l'environnement des larves a également été montrée dans tous les élevages soumis ou non à de fortes mortalités. Nous avons constaté que cette eutrophisation ainsi que l'ajout d'antibiotique, le développement larvaire et l'état de santé des élevages entraînaient des variations des communautés procaryotiques associées aux élevages. Enfin, des biomarqueurs bactériens de la santé des élevages ont été mis en évidence.

In New-Caledonia,rearing of the Pacifie blue shrimp, Penaeus stylirostris, currently represents a major socio­ economic activity. However, since 2005,massive unexplained larval mortalities have been affecting the hatcheries and threatening the entire production. The lageon seawater,used during larval rearings, possesses physico-chemical characteristics and microbial patterns which are likely to vary according to various natural and anthropic factors. Yet, water quality and microorganisms associated with the rearings influence larval survival. ln this context,this project aimed to define if variations of the prokaryotic communities associated with the larval rearings couId explain the observed larval mortalities. This work first evidenced vertical and horizontal transmissions involved during the establishment of the larval microbiota. The identification of a core microbiota, associated with ali the considered samples and initially present in the eggs and in the reservoir waters,suggests a lasting impact of these transmissions during the larval development regardless of the larval health status. Eutrophication of the rearing water was aIso highlighted in ali the rearings which were exposed or not to mass larval mortalities. We showed that this eutrophicatior as weil as antibiotic addition,larval development and larval health status induced variations of the prokaryotic communities associated with the larval rearings. Finally,bacterial biomark ers of larval health status were highlighted.