Diversité des systèmes épigénétiques et leur rôle dans la macroévolution des protistes
par Jazmin BLAZ SáNCHEZ
Projet de thèse en Évolution
Sous la direction de David Moreira et de Laura Eme.
Thèses en préparation à université Paris-Saclay , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Écologie, systématique et évolution (Orsay, Essonne ; 2002-....) (laboratoire) et de Faculté des sciences d'Orsay (référent) depuis le 13-08-2019 .
- Protistes
- Génomique
- Modifications épigénétiques
- Phylogénétique
- Évolution
- Génomique comparée
mots clés
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Résumé
Les protistes sont des organismes clés pour étudier l'histoire évolutive ancienne des eucaryotes. Malgré les progrès substantiels dans notre compréhension de l'évolution des eucaryotes grâce à la révolution de l'ère génomique, des questions fondamentales demeurent concernant le rôle des transferts de gène horizontaux (HGT) et de la régulation épigénétique sur l'évolution des génomes eucaryotes. Ce projet aborde ces questions par la génération de données génomiques, épigénomiques et transcriptomiques à partir de lignées protistes avec une grande diversité de styles de vie appartenant à des clades sous-échantillonnés. Nous caractériserons la diversité et la trajectoire évolutive des systèmes épigénétiques à l'aide d'approches phylogénomiques et de génomique comparée afin d'évaluer certaines hypothèses concernant la relation entre les profils épigénétiques, la fréquence des HGT, l'expression des gènes, la taille du génome et le mode de vie. Élargir nos connaissances moléculaires sur ces organismes peut nous aider à répondre aux questions fondamentales sur les caractéristiques du dernier ancêtre commun eucaryote (LECA), la position de la racine sur l'arbre des eucaryotes et les principaux facteurs influant l'évolution des génomes lors de la diversification des eucaryotes.
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Titre traduit
Epigenetic systems diversity and their role on protist macroevolution
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Résumé
Protists are key biological models to approach the early evolutionary history of the eukaryotic domain. Despite the substantial progress in our understanding of eukaryotic evolution triggered by the genomic era revolution, fundamental questions about the role of horizontal gene transfer (HGT) and epigenetic regulation on the evolution of eukaryotic genomes still remain. This project approaches these questions by generating genomic, epigenomic, and transcriptomic information from protist lineages with a wide diversity of lifestyles belonging to undersampled clades. We will characterize the diversity and the evolutionary trajectory of epigenetic systems through phylogenomic and comparative genomic approaches to evaluate some hypotheses regarding the relationship between epigenetic patterns, HGT frequency, gene expression, genome size and lifestyle. Expanding our molecular knowledge of these organisms can help us address fundamental questions about the features of the Last Eucaryotic Common Ancestor (LECA), the position of the root on the eukaryotic tree of life and the main drivers of genome macroevolution during the diversification of eukaryotes.
