« Les plantes sont immobiles et attendent qu'on vienne les compter » : confronter mesures in situ et simulations numériques pour suivre la dynamique des populations végétales

par Jan Perret

Projet de thèse en EERGP - Écologie, Evolution, Ressources Génétique, Paléobiologie

Sous la direction de Anne Charmantier et de Aurelien Besnard.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau , en partenariat avec CEFE - Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (laboratoire) depuis le 01-10-2019 .


  • Résumé

    La biosphère fait actuellement face à une crise sans précédent d'extinction d'espèces, induite par une profonde modification des écosystèmes par les activités humaines. Dans ce contexte, quantifier le déclin des espèces constitue un défi majeur pour orienter les efforts de conservation et enrayer cette dynamique. Cependant des travaux récents ont montré que les suivis de populations mis en œuvre par les acteurs de la conservation sont souvent basés sur des méthodes inadéquates pour fournir des résultats exploitables malgré la mobilisation de ressources importantes. Une des raisons de cette situation est que pour certains groupes taxonomiques il existe un important retard dans le développement de méthodologies adaptées. Dans cette thèse je m'intéresse spécifiquement aux méthodes de suivi diachronique des plantes terrestres, c'est-à-dire aux approches consistant à répéter dans le temps et l'espace des mesures de paramètres démographiques de populations de plantes afin de prévoir leurs trajectoires futures. Mon objectif est de définir un cadre méthodologique pertinent à différentes échelles spatiales (d'abord locale, puis régionale et nationale), en répondant aux questions suivantes : comment adapter les plans d'échantillonnage spatio-temporels selon l'espèce étudiée ? Comment prendre en compte la détection partielle des individus ? La télédétection des individus peut-elle rendre les méthodes de suivi plus précises et efficaces ? Pour mener à bien ce projet, j'associe une approche de modélisation de la dynamique des populations basée sur des simulations numériques et une approche expérimentale de suivis en milieu naturel, où plusieurs méthodes de suivi sont testées en parallèle sur un réseau de sites expérimentaux. En outre je collabore fortement avec les acteurs de la conservation français qui mettent en œuvre des suivis de populations végétales, afin que mon travail réponde directement à leurs problématiques, et d'améliorer le transfert de connaissances du monde académique vers le monde professionnel.

  • Titre traduit

    'Plants stand still and wait to be counted' : confronting in situ measurements and numerical simulations to monitor plant population dynamics


  • Résumé

    The biosphere is currently facing an unprecedented crisis of species extinction, caused by a profound modification of ecosystems by human activities. In this context, quantifying the species decline is a major challenge to guide conservation efforts and halt this dynamic. However, recent studies have shown that population monitoring studies realized by conservation actors are often based on inadequate methods to provide exploitable results, despite the mobilization of significant resources. One of the reasons for this is that for some taxonomic groups there is an important backlog in the development of appropriate monitoring methodologies. In this thesis I am specifically interested in the diachronic monitoring methods of terrestrial plants, i.e. the approaches of repeating in time and space measurements of demographic parameters of plant populations in order to predict their future trajectories. My goal is to define a relevant methodological framework at different spatial scales (local, regional and national), by answering the following questions: How to adapt spatio-temporal sampling plans according to the studied species? How to take into account the partial detection of individuals? Can remote sensing of individuals make monitoring methods more accurate and efficient? To achieve this objective, I associate a modeling approach of population dynamics based on numerical simulations and an experimental approach of monitoring studies realized in the field, where several monitoring methods are tested in parallel on a network of experimental sites. In addition I strongly collaborate with French conservationists who carry out plant populations monitoring programs, so that my work responds directly to their problems, and to improve the knowledge transfer from the academic to the professional world.