Thèse en cours

Rôle du microbiote intestinal sur le statut nutritionnel chez des enfants cambodgiens d'âge scolaire
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Triangle exclamation pleinLa soutenance a eu lieu le 17/12/2021. Le document qui a justifié du diplôme est en cours de traitement par l'établissement de soutenance.
Auteur / Autrice : Kouakou Dorgeles Dje kouadio
Direction : Christèle HumblotFrank Wieringa
Type : Projet de thèse
Discipline(s) : APAB - Agroressources, Procédés, Aliments, Bioproduits
Date : Inscription en doctorat le
Soutenance le 17/12/2021
Etablissement(s) : Montpellier
Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : QUALISUD - Démarche intégrée pour l'obtention d'aliments de qualité
Jury : Président / Présidente : Daniel Tome
Examinateurs / Examinatrices : Christèle Humblot, Frank Wieringa, Christophe Chassard, Philippe Gerard, Anne-Judith Waligora-dupriet
Rapporteurs / Rapporteuses : Christophe Chassard, Anne-Judith Waligora-dupriet

Mots clés

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Résumé

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La malnutrition englobe différentes formes, telles que la malnutrition aiguë, la malnutrition chronique (menant au retard de croissance ou « stunting »), les carences en micronutriments et le surpoids/l’obésité. Ces malnutritions sont liées à des conséquences négatives sur la santé, notamment le retard du développement cognitif ou l'anémie. Des altérations de la composition (ou de la fonction) du microbiote fécal ont également été associées aux troubles liés à la malnutrition, comme à de nombreuses autres maladies humaines. Les données disponibles sur la malnutrition concernent principalement les enfants et les femmes mais moins les enfants d'âge scolaire, et surtout dans les pays à faible revenu. L’objectif de cette thèse était de caractériser le microbiote intestinal des écoliers cambodgiens et ses associations, à l'aide d'un modèle mathématique, avec les caractéristiques anthropométriques et les biomarqueurs du statut en fer, zinc et vitamine A collectés sur 391 écoliers (6 à 16 ans) de 12 écoles. La composition microbienne des enfants sélectionnés a été obtenue par séquençage des gènes codant pour l'ARNr 16S des bactéries présentes dans les échantillons fécaux. Près d'un quart des enfants étaient anémiques, et 32% des enfants présentaient un retard de croissance. Les prévalences de carence en fer (2%) et en vitamine A (<1%) étaient très faibles, alors que la carence en zinc touche plus de ¾ de la population d’étude (90,3%). Concernant le microbiote, 10 phyla étaient présents chez au moins 5% des écoliers : les Firmicutes étaient de loin les plus abondants, suivis par les Bacteroides, les Proteobacteria et les Actinobacteria. La concentration fécale de bactéries de la famille des Corynebacteriaceae (p=0,027) du phylum Actinobacteria était plus élevée chez les sujets ayant un score taille/âge plus élevé. Dans le phylum Bacteroidetes, le genre Bacteroides (p=0,017) et la famille Rikenellaceae (p<0,001) étaient plus abondants chez les sujets présentant une carence en vitamine A. Les sujets présentant une calprotectine fécale élevée avaient un microbiote pauvre en bactéries de la famille des Enterobacteriaceae (p=0,030). Le microbiote intestinal des sujets anémiques présentait un nombre élevé de bactéries des genres Streptococcus (p=0,036) et Eubacterium (p=0,049) du phylum Firmicutes. En conclusion, cette étude conforte bien l’hypothèse de l’association entre le microbiote fécal et le statut nutritionnel de l’hôte. Cependant, les résultats doivent être affinées par d’autres études, qui pourraient inclure l’investigation des fonctions des bactéries intestinales