Un modèle dynamique de croissance et rendement basé sur la phonémique pour simuler la variabilité de centaines d'hybrides de maïs dans la diversité des environnements Européens

A phenomics-based dynamic model of growth and yield to simulate hundreds of maize hybrids in the diversity of European environments

• Auteur / Autrice : Sébastien Lacube
• Direction : François Tardieu, Boris Parent
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie, Interactions, Diversité Adaptative des Plantes
• Date : Soutenance le 15/12/2017
• Etablissement(s) : Montpellier, SupAgro
• Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire Ecophysiologie des Plantes Sous Stress Environnementaux - LEPSE - Montpellier SupAgro
• Jury : Président / Présidente : Franck Ewert
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : François Tardieu, Boris Parent, Franck Ewert, John Roy Porter, Romain Barillot, Delphine Luquet
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Franck Ewert, Gustavo A Slafer Lago

Mots clés

Mots clés libres

Modèle de culture APSIM

Paramètre génotypique

Plateforme de phénotypage

Stress hydrique

Modelisation

APSIM crop model

Genetic parameter

Phenotyping platform

Environmental stress

Modelisation

Résumé

Sous contrainte hydrique, les plantes limitent leur transpiration en diminuant leur croissance foliaire, économisant ainsi l’eau pour la fin du cycle de culture. Une forte variabilité génétique a été observée chez le maïs pour les processus impliqués dans cette réponse. Le compromis entre transpiration et photosynthèse implique qu’une forte plasticité n’est pas toujours avantageuse car elle diminue aussi l’accumulation de biomasse et le rendement. Un génotype qui maximise la production dans un environnement sec n’est donc pas le meilleur dans un autre environnement sec. Le but de cette thèse était de prédire quelles combinaisons de traits reliés à la croissance foliaire aboutissent aux meilleurs rendements dans différents environnements européens. Pour cela, (i) j’ai montré que les contrôles environnementaux et génétiques diffèrent entre l’élongation et l’élargissement foliaires, et établi/testé les équations décrivant ces contrôles. (ii) J’ai développé un modèle de croissance foliaire, en restant parcimonieux en paramètres et en veillant à ce que les paramètres soient mesurables en plateformes de phénotypage. (iii) J’ai développé un cadre de simulation qui inclut 36 ans de conditions climatiques et les pratiques agricoles dans 59 sites de culture du maïs en Europe, ainsi que la paramétré 254 hybrides de maïs qui maximisent la diversité génétique. (iv) Ce cadre d’analyse a été utilisé pour prédire la durée de cycle optimale dans chacun des environnements étudiés, sous les conditions climatiques présentes et futures. (v) J’ai utilisé le cadre de simulation et ces durées de cycle adaptées pour déterminer les meilleurs idéotypes de croissance foliaire adaptés aux différent scenarios environnementaux. Les résultats montrent que les variétés sensibles sont adaptées à l’Europe du sud en condition non-irriguées alors que l’opposé est adapté au nord ou en condition irriguée. Cependant, les meilleures combinaisons de paramètres déterminées dans un espace phénotypique non contraint n’étaient pas disponible dans la diversité génétique observée. Cette thèse fournit aux sélectionneurs des éléments sur les combinaisons de traits qui fournissent un avantage comparatif dans chaque environnement ainsi que le contour des possibles dans la diversité génétique observée.

Under soil water deficit, plants limit transpiration by decreasing leaf area to save water for the end of the crop cycle. A large genetic diversity has been observed in maize for the processes involved in this response. Because of the trade-off between transpiration and photosynthesis, a high plasticity is not always beneficial because it also reduces biomass accumulation and grain yield. The genotype that maximises production in one dry environment therefore does not always perform the best in another dry environment. The aim of this thesis was to predict which combination of trait values related to leaf growth would be beneficial in the diversity of European environments. For this purpose, (i) I have shown that genetic and environmental controls differ between leaf elongation and widening, and established/tested the equations that describe these controls. (ii) I have developed a model of leaf development and expansion, with a particular attention to the parsimony for parameter number and to the possibility of measuring parameter values in phenotyping platforms. (iii) I have developed a simulation framework including 36 years of environmental conditions and management practices of 59 European fields, together with the parameterisation of 254 maize hybrids maximising the maize genetic diversity. (iv) This framework has been used to simulate the optimum crop cycle duration for each site and management practice in current and future conditions. (v) The simulation framework and the adapted cycle duration were then used to determine ideotypes of leaf growth adapted to the different environmental scenarios. Results indicate that sensitive hybrids perform better in southern Europe under rainfed conditions while less-sensitive genotypes perform better in northern Europe or in irrigated fields. However, the best combinations of parameters determined in an unconstrained phenotypic space were not available in the observed genetic diversity. Overall, this study provides elements on where and when a combination of trait values can give a comparative advantage on yield, together with the boundary of possibilities within the current genetic diversity.