Analyse fonctionnelle des protéines Hit1 et Bcd1 impliquées dans la biogenèse des snoRNP à boîtes C/D eucaryotes

Functional analysis of the Hit1p and Bcd1p proteins involved in eukaryotic box C/D snoRNP biogenesis

• Auteur / Autrice : Decebal Tiotiu
• Direction : Bruno Charpentier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santé
• Date : Soutenance le 10/10/2016
• Etablissement(s) : Université de Lorraine
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale BioSE - Biologie, Santé, Environnement
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Ingénierie moléculaire et physiopathologie articulaire (Vandœuvre-lès-Nancy)
• Jury : Président / Présidente : Sandrine Boschi-Muller
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christine Allmang-Cura, Cosmin Saveanu
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Christine Allmang-Cura, Cosmin Saveanu

Mots clés

Mots clés contrôlés

Saccharomyces cerevisiae

Interactions ARN-protéine

Nucléoprotéines

ARN ribosomiques

Ribosomes

Mots clés libres

Saccharomyces cerevisiae

SnoRNP

SnoRNA à boîtes C/D

Hit1p

Rsa1p

Bcd1p

Rtt106p

R2tp

Saccharomyces cerevisiae

SnoRNP

Box C/D snoRNA

Hit1p

Rsa1p

Bcd1p

Rtt106p

R2tp

Résumé

Chez les eucaryotes, la biogenèse des ribosomes débute dans le nucléole par la maturation et la modification des ARN ribosomiques (ARNr), et fait intervenir des centaines de particules ribonucléoprotéiques (RNP) distinctes, comme les petites RNP nucléolaires (snoRNP) à boîtes C/D, qui portent une activité méthyl transférase ciblée sur la position 2’-OH des riboses. Leur biogenèse nécessite l’intervention transitoire de facteurs protéiques constituant une machinerie d’assemblage spécifique. Mon travail de thèse a visé à étudier le rôle fonctionnel de deux de ces facteurs chez la levure S. cerevisiae les protéines Hit1 et Bcd1. Hit1p avait été trouvée au laboratoire être impliquée dans la biogenèse des snoRNP à boîtes C/D, et il était connu que l’expression de Bcd1p est essentielle à la viabilité cellulaire et pour la stabilité des snoRNA à boîtes C/D. Lors de ce travail, nous avons retrouvé le domaine fonctionnel de Hit1p et identifié les acides aminés impliqués dans l’interaction avec Rsa1p, un autre facteur d’assemblage. Par une approche similaire, nous avons recherché les domaines nécessaires à la fonctionnalité de Bcd1p. Le mécanisme par lequel Bcd1p influence spécifiquement les taux de snoRNA à boîtes C/D reste inconnu, mais au cours de ce travail j’ai identifié un nouveau partenaire potentiel pour cette protéine - la chaperonne d’histone Rtt106p. La dernière partie de mon travail a visé à rechercher le lien fonctionnel entre Rtt106p et l’expression des snoRNA à boîtes C/D

In eukaryotes, ribosome biogenesis begins in the nucleolus, by maturation and modification of ribosomal RNAs (rRNA) and involves hundreds of distinct ribonucleoprotein particles, like box C/D small nucleolar RNPs (snoRNPs). Their assembly requires the transient intervention of protein factors constituting a specific assembly machinery. My PhD work aimed to investigate the functional role of two such factors, Bcd1p and Hit1p, in the yeast S. cerevisiae. Hit1p involvement in box C/D snoRNP biogenesis was revealed in our lab, and it was known that Bcd1p expression is essential to cell viability and box C/D snoRNA stability. During this work, we identified the functional domain of Hit1p, and the aminoacids involved in its interaction with Rsa1, another assembly factor. By a similar approach we identified the functional domains of Bcd1p. The mechanism by which Bcd1p specifically influences box C/D snoRNA levels is unknown. However, I identified a potentially new partner for this protein – the Rtt106p histone chaperone. The last part of my work aimed to search for a functional link between this histone chaperone and box C/D snoRNA expression