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Circulation de virus dans des communautés de rongeurs hôtes : le cas de la mosaïque forêt-savane- zones urbaines dans l'agglomération de Franceville (Gabon).

par Joa braïthe Mangombi

Projet de thèse en EERGP - Écologie, Evolution, Ressources Génétique, Paléobiologie

Sous la direction de Jean Marc Duplantier et de Eric Leroy.

Thèses en préparation à l'Université de Montpellier (2022-….) en cotutelle avec Centre Internationale de Recherche Médicale de Franceville , dans le cadre de GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec CBGP - Centre de Biologie et de Gestion des Populations (laboratoire) et de Génétique et Ecologie des Populations (equipe de recherche) depuis le 01-11-2012 .


  • Résumé

    Un certain nombre de maladies véhiculées par les rongeurs sont actuellement en pleine recrudescence : hantaviroses et fièvres hémorragiques un peu partout dans le monde (Kariwa et al., 2007), peste en Algérie, en Afrique de l'Est, à Madagascar (WHO, 2010), borréliose (Trape et al., 1996) et schistosomose (Duplantier & Sène 2006) au Sahel. La compréhension des processus à l'origine de l'émergence / réémergence de ces pathologies et la nécessité d'améliorer la prévention et le traitement des maladies pour limiter leurs conséquences en terme de santé publique et d'impact économique, nécessitent une meilleure connaissance des espèces animales impliquées, des cycles des pathogènes responsables mais aussi des mécanismes de transmission des maladies concernées à l'homme. Le Gabon, a été le théâtre d'épidémies de fièvre hémorragiques dues au virus Ebola depuis les années 90 (Georges et al., 1999 ; Georges-Courbot et al., 1999 ; Leroy et al., 2004 ; Wittman et al., 2007). Bien que les chauves-souris ont été identifiées comme des réservoirs potentiels du virus Ebola, des petites séquences génétiques du virus Ebola ont aussi été trouvées à partir d'organes de 6 rongeurs (Mus setulosus et Praomys sp.) en République Centrafricaine en 1998 (Morvan et al., 1999). Si les rongeurs forestiers du Gabon ont été particulièrement étudiés (Duplantier, 1989 ; Nicolas et Colyn, 2003 ; Nicolas et al., 2004), peu de choses sont connues sur les rongeurs de savane (Mboumba et al., 2010) et quasiment rien sur les rongeurs commensaux et périurbains ni sur le rôle des rongeurs en santé publique (Fournier, 1996). Une étude préliminaire réalisée sur l'agglomération de Franceville (Ebang Ella, 2011) indique une diversité peu commune de rongeurs dans une agglomération avec la présence d'au moins dix espèces différentes. Il y a une différence importante de la composition des peuplements de rongeurs selon les quartiers de la ville. Si le rat noir (Rattus rattus) est extrêmement dominant dans le quartier central (marché et commerces), ce sont soit des espèces de forêt (Praomys misonnei), ou de savane (Lemniscomys striatus) qui dominent dans d'autres quartiers périphériques. Franceville est la troisième ville du Gabon, localisée à 650 km au sud-est de Libreville dans la région des Plateaux Batékés (province du Haut Ogooué). Elle se situe à l'interface forêt-savane et est caractérisée par une organisation spatiale de type diffus. Cette configuration spatiale se prête particulièrement bien à la circulation de virus et à l'émergence de zoonoses : on note aussi une urbanisation grandissante et la présence d'une espèce envahissante. Ainsi, cette thèse vise à faire un inventaire et d'identifier les espèces qui composent la communauté de rongeurs de Franceville et de leurs interactions, afin d'identifier les agents pathogènes qu'ils hébergent, et de définir les zones de risque potentiels.

  • Titre traduit

    Virus circulation in rodent host communities: the case of forest-savanna -urban areas mosaic in the agglomeration of Franceville (Gabon).


  • Résumé

    Many diseases carried by rodents are currently undergoing resurgence: hantaviroses and hemorrhagic fevers in worldwide (Kariwa et al., 2007), plague in Algeria, East Africa and Madagascar (WHO, 2010), borreliosis (Trape et al., 1996) and schistosomiasis (Duplantier & Sene, 2006) in the Sahel. Understanding the processes behind the emergence/re-emergence of these diseases and the need to improve the prevention and treatment of diseases to reduce their consequences on the economy and public health, require a better understanding of animal species involved, cycles of pathogens responsible and the transmission mechanisms of the diseases concerned to humans. Gabon, has known numerous hemorrhagic fever epidemics caused by the Ebola virus since the 90s (Georges et al., 1999; Georges-Courbot et al., 1999; Leroy et al., 2004; Wittman et al., 2007). Although bats have been identified as reservoirs of Ebola virus, small genetic sequences of Ebola were also found from organs of 6 rodents (Mus setulosus and Praomys sp.) in Central African Republic in 1998 (Morvan et al., 1999). Forest rodents in Gabon were particularly studied (Duplantier, 1989 ; Nicolas & Colyn, 2003 ; Nicolas et al., 2004), while little is known about the savannah rodents (Mboumba et al., 2010) and nothing about the commensal rodents and peri-urban nor the rodents role on public health (Fournier, 1996). A preliminary study in Franceville (Ebang Ella, 2011) shows an uncommon rodent diversity in a city with the presence of at least ten different species. A significant difference in the composition of the rodent populations between districts was founded. If the black rat (Rattus rattus) is extremely dominant in the central district (market and shops), they are forest species (Praomys misonnei) or savannah species (Lemniscomys striatus) that dominate in others districts. Franceville is the third city of Gabon, located at 650 km southeast of capital Libreville in Haut-Ogooué region. It has a fragmented landscape of forest and savannah and is characterized by a spatial organization diffuse. This spatial configuration is particularly suited for virus transmission and the emergence of zoonoses. Thus, this thesis aims to take stock and identify the species that compose the rodent communities of Franceville and their interactions, to identify the pathogens they host, and define potential risk areas.