Etude de la décomposition de matière organique dans des conditions géologiques par simulations numériques de replica exchange molecular dynamics

Study of organic matter decomposition under geological conditions from replica exchange molecular dynamics simulations

• Auteur / Autrice : Léa Atmani
• Direction : Roland Jean-Marc Pellenq, Christophe Bichara
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Matière condensée et Nanosciences
• Date : Soutenance le 15/05/2017
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Physique et Sciences de la Matière (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre Interdisciplinaire de Nanoscience de Marseille (CINAM)
• Jury : Président / Présidente : Philippe Dumas
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Jean-Marc Leyssale, Edo Boek
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Marc Monthioux, Virginie Marry

Mots clés

Mots clés contrôlés

Thermodynamique

Simulation par ordinateur

Matière organique

Cellulose

Kérogène

Mots clés libres

Kérogène

Remd

Simulations

Gaz

Pétrole

Gaz de schistes

Matière organique

Lammps

ReaxFF

Cellulose

Lignine

Van Krevelen

Hydrocarbures

Simulations Numériques

Carbone

Potentiel réactif

Carbone amorphe

Thermodynamique

Géologie

Roche mère

Maturation

Dynamique Moléculaire

Pyrolyse

Kerogen

Remd

Replica Exchange Molecular Dynamics

Gas

Shale Gas

Oil

Organic Matter

Lammps

ReaxFF

Cellulose

Lignin

Van Krevelen

Pyrolysis

Hydrocarbons

Numerical simulations

Carbon

Reactive Potential

Amorphous Carbon

Thermodynamics

Petroleum Geology

Source rocks

Maturation

Molecular Dynamics

Résumé

Pétrole et gaz proviennent de la décomposition de la matière organique dans la croûte terrestre. En s’enfouissant, les résidus organiques se décomposent en un solide poreux et carboné, appelé kérogène et en un fluide composé d’hydrocarbures et de petites molécules telles que de l’eau. Le processus de formation du kérogène n’est pas totalement élucidé et une modélisation aiderait à une meilleure compréhension à la fois de sa structure et de sa composition et serait utile à l’industrie pétrolière.Dans le présent travail, nous adoptons une approche thermodynamique ayant pour but, à l’aide de simulations numériques, de d’étudier la décomposition de précurseurs de kérogène d’un type donné –ici le type III- dans les conditions d’un réservoir géologique. La méthode dite de Replica Exchange Molecular Dynamics (REMD) est appliquée pour étudier la décomposition de cristaux de cellulose et de lignine. Le potentiel d’interaction ReaxFF et le code LAMMPS sont utilisés. La REMD est une façon de surmonter de larges barrières d’énergie libre, en améliorant l’échantillonnage de configurations d’une dynamique moléculaire conventionnelle à température constante, en utilisant des états générés à températures supérieures.En fin de simulation, les systèmes ont atteint un état d’équilibre entre deux phases : une phase riche en carbone, composée d’amas de macromolécules, que nous appelons « solide » et d’une phase riche en oxygène et en hydrogène, composée de petites molécules, que nous dénommons « fluide ». L’évolution des parties solides de nos systèmes coïncide avec celle d’échantillons naturels de kérogènes de type III.

In deep underground, organic residues decompose into a carbonaceous porous solid, called kerogen and a fluid usually composed of hydrocarbons and other small molecules such as water, carbon monoxide. The formation process of the kerogen remains poorly understood. Modeling its geological maturation could widen the understanding of both structure and composition of kerogen, and could be useful to oil and gas industry.In this work we adopt a purely thermodynamic approach in which we aim, through molecular simulations, at determining the thermodynamic equilibrium corresponding to the decomposition of given organic precursors of a specific type of kerogen –namely type III- under reservoir conditions. Starting from cellulose and lignin crystal structures we use replica exchange molecular dynamics (REMD) simulations, using the reactive force field ReaxFF and the open-source code LAMMPS. The REMD method is a way ofovercoming large free energy barriers, by enhancing the configurational sampling of a conventional constant temperature MD using states from higher temperatures.At the end of the simulations, we have reached for both systems, a stage where they can clearly be cast into two phases: a carbon-rich phase made of large molecular clusters that we call here the "solid" phase, and a oxygen and hydrogen rich phase made of small molecules that we call "fluid" phase.The evolution of solid parts for both systems and the natural evolution of a type III kerogen clearly match. Evolution of our systems follows the one of natural samples, as well as the one of a type III kerogen submitted to an experimental confined pyrolysis.