Transport de protéines natives, partiellement et complètement dépliées à travers des nanopores protéiques et artificiels
Auteur / Autrice : | Benjamin Cressiot |
Direction : | Loïc Auvray, Juan Pelta |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Biophysique moléculaire |
Date : | Soutenance le 18/09/2012 |
Etablissement(s) : | Evry-Val d'Essonne |
Ecole(s) doctorale(s) : | Ecole doctorale des Génomes aux organismes (Versailles ; 2000-2015) |
Jury : | Président / Présidente : Jean-Pierre Henry |
Examinateurs / Examinatrices : Jean-Michel Betton, Bruno Le Pioufle | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Dominique Fourmy, Mathias Winterhalter |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
Nous étudions le transport de protéines natives, partiellement ou complètement dépliées à travers des nanopores protéiques ou solides à l’échelle de la molécule unique en utilisant une détection électrique. Le système modèle que nous avons choisi est la protéine MalE sauvage ou mutante, en particulier la protéine MalE 219 qui se déplie à de plus faibles concentrations d’agent dénaturant que la protéine sauvage. Nous montrons que la translocation de protéines partiellement dépliées à travers un canal protéique, l’hémolysine du staphylocoque doré, dépend des conformations individuelles que nous pouvons distinguer. Les molécules dépliées passent rapidement dans les nanopores. Nous mesurons directement leur fraction en fonction de la concentration en agent dénaturant. La technique est très sensible aux mutations affectant le repliement.. Nous avons également étudié le transport de protéines à travers des nanopores solides dans différents cas. Nous comparons d’abord le transport de protéines natives et de protéines complètement dépliées à travers un nanopore de grand diamètre puis nous étudions la translocation de protéines dépliées à travers un nanopore étroit de diamètre inférieur à la taille de la protéine. Nous observons différents régimes de translocation quand nous varions le champ électrique appliqué que nous interprétons à l’aide d’un modèle théorique simple.