Phylogénie de deux espèces de faisans, le faisan argenté Lophura nycthemera et le faisan leucomèle Lophura leucomelanos : études morphologique, chromosomique, moléculaire et biogéographique

• Auteur / Autrice : Sibyle Moulin
• Direction : Robert Mauget
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Systématique et évolution
• Date : Soutenance en 2003
• Etablissement(s) : Paris, Muséum national d'histoire naturelle
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris)
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Christiane Denys, Peter J. Garson, Alain Hennache, Edward C. Dickinson
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Roger Prodon, Ettore Randi

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cytogénétique

Analyse cladistique

Lophura

Résumé

Les deux espèces de faisans Lophura leucomelanos, le faisan leucomèle, et L. Nycthemera, le faisan argenté comportent de nombreuses sous-espèces, respectivement 9 et 15. Elles sont asiatiques et appartiennent à l'ordre des Galliformes et à la famille des Phasianidae. Ces sous-espèces ont été décrites à partir de différences morphologiques et leur validité à été remise en cause. La question de l'appartenance de deux ou trois sous-espèces de L. Leucomelanos à L. Nycthemera a aussi été posée. L'étude systématique de ces deux espèces a été faite à partir d'études morphologiques, cytogénétiques et moléculaires. La première est basée sur une étude des peaux conservées dans différents musées, la deuxième repose sur une étude de caryotypes en banding classique. L'étude moléculaire a été effectuée sur le séquençage de deux fragments d'ADN mitochondrial : une partie du cytochrome b et une partie de la région de contrôle. L'étude morphologique permet de mettre en évidence un polymorphisme intra subspécifique conséquent , ainsi que des tendances clinales. Un regroupement des sous-espèces qui sont, à nos yeux, indiscernables a été effectué. L'étude cytogénétique montre que les deux espèces ont des caryotypes non distincts, mais que ceux-ci ne sont pas non plus distincts de ceux d'espèces de genres différents au sein de la sous famille Phasianinae. Cette étude nous a cependant permis de contribuer à la résolution de la phylogénie de l'ordre des Galliformes, notamment par l'état fissionné ou fusionné du chromosome 2. L'étude moléculaire montre que chaque espèce L. Leucomelanos et L. Nycthemera possède des familles d'haplotypes mitochondriaux apparentés mais différents. La séparation en deux espèces est fondée. Les sous-espèces décrites classiquement au sein de l'espèce L. Leucomelanos y sont plus apparentées qu'à L. Nycthemera. Cette étude ne permet pas de discerner toutes les sous-espèces et certaines ont été regroupées sur la base de leur ADN mitochondrial. Enfin, ces résultats ont été confrontés à la paléogéographie de la région et un scénario biogéographique pour l'histoire évolutive de ces deux espèces de faisans a été proposé. De plus, des conséquences pour la taxonomie et la conservation ont été tirées, pour les sous-espèces, après cette révision

The species of pheasant L. Leucomelanos and L. Nycthemera, the Kalij and Silver Pheasant, have numerous subspecies respectively 9 and 15. They are both Asian and belong to the order Galliform and the family Phasianidae. These subspecies have been described on the basis of morphological differences. The validity of these subspecies has been questioned. Also two or three subspecies of L. Leucomelanos have been suspected of belonging to L. Nycthemera instead. Systematic studies of both species have been done using morphological, cytogenetic and molecular techniques. The first one has been achieved using museums skins. The second one is based on classical banding techniques karyotypes and the third is the results of mitochondrial DNA sequencing: parts of cytochrome b and control region. Morphological studies lead to the conclusion of a huge intra subspecific polymorphism, clinal tendencies have also been found. We have joined together subspecies that we were not able to distinguish. Cytogenetic studies do not enable us to separate either subspecies, or species of Lophura, or even species of other genera of the sub family, but their karyotypes allow us to help in the resolution of the Galliforme phylogeny, particularly thanks to the fission or fusion character of chromosome 2. Molecular studies show that each species L. Leucomelanos and L. Nycthemera has different types of mitochondrial haplotype families. There are 2 species. Subspecies that have been described classically as part of the L. Leucomelanos species do belong to this species. The molecular analyses cannot distinguish all subspecies, and some of them have been grouped on the basis of their mitochondrial DNA. These results have been confronted to the palaeogeography of the region and a biogeographical synopsis of the evolutive history of both species has been proposed. Moreover, consequences of that reassessment have been applied to taxonomy and to conservation status for the subspecies