Émergence de Citrobacter freundii producteurs de carbapénèmases en France, 2019 - 2020

Emergence of carbapenemase producing Citrobacter freundii in France, 2019 - 2020

• Auteur / Autrice : Laura Biez
• Direction : Thierry Naas, Laurent Dortet
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2023
• Etablissement(s) : université Paris-Saclay
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes
• Partenaire(s) de recherche : référent : Université Paris-Saclay. Faculté de pharmacie (Orsay, Essonne ; 2020-....)
• Partenaire(s) de recherche : graduate school : Université Paris-Saclay. Graduate School Santé et médicament (2020-....)
• Jury : Président / Présidente : Imad Kansau
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Béatrice Bercot, Richard Bonnet, Katty Jeannot, Philippe Glaser
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Béatrice Bercot, Richard Bonnet

Mots clés

Mots clés libres

Carbapénèmases

Citrobacter freundii

Épidémiologie

Carbapenemases

Citrobacter freundii

Epidemiology

Résumé

Les entérobactéries productrices de carbapénèmases sont apparues au cours des dernières décennies comme l'une des principales menaces pour la Médecine moderne. Enterobacter est un genre de plus en plus reconnu comme un acteur clé dans la diffusion des carbapénèmases, à côté de E. coli et de K. pneumoniae, mais les informations concernant Citrobacter sp. sont restées rares. Ce travail de thèse a été réalisé sur une collection de 803 isolats de Citrobacter sp. récupérés par le Centre National français de Résistance aux carbapénèmes sur une période de 2 ans (2019-2020). Ainsi, une souche de Citrobacter freundii produisant les carbapénèmases OXA-48, NDM-1 et VIM-1 a été décrite pour la première fois en France. blaVIM-1 était localisé sur un plasmide de type Inc-N, blaNDM-1 sur un plasmide de type Inc-F et blaOXA-48 trouvait sur un plasmide de type M1 ce qui est très rare. De plus, parmi cette population 15 carbapénèmases différentes on été identifiées, dont OXA-48, suivie de NDM-1 et OXA-181, qui représentaient les principales enzymes. L'analyse phylogénétique de cette collection a révélé que C. freundii était l'espèce principale parmi laquelle 3 clones principaux circulent en France, à savoir ST8, ST22 et ST91. Les clones ST22 et ST8 ont été distribués dans toutes les régions, tandis que le clone ST91 s'est propagé à l'échelle régionale. L'analyse de la diversité des espèces a révélé que parmi le complexe C. freundii, C. portucalensis et C. braakii étaient également disséminés. Cette étude a analysé la plus grande collection de Citrobacter sp. produisant des carbapénèmases et a permis de décrypter l'épidémiologie moléculaire de Citrobacter sp. en France.

Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae hâve emerged in recent décades as one of the major threats to modem medicine. Enterobacter is a genus that is increasingly recognised as a key player in the spread of carbapenemases, alongside E. coli and K. pneumoniae, but information on Citrobacter sp. has remained scarce. This thesis work was carried out on a collection of 803 Citrobacter sp. isolates recovered by the French National Centre for Carbapenem Resistance over a 2-year period (2019-2020). A strain of Citrobacter freundii producing the OXA-48, NDM-1 and VIM-1 cabapenemases was described for the first time in France. blaVIM-1 was located on an Inc-N plasmid, blaNDM-1 on an Inc-F plasmid and blaOXA-48 on an M1 plasmid, which is very rare. In addition, 15 different carbapenemases were identified in this population, including OXA-48, followed by NDM-1 and OXA-181, which represented the main enzymes. Phylogenetic analysis of this collection revealed that C. freundii was the main species, with 3 main clones circulating in France, namely ST8, ST22 and ST91. The ST22 and ST8 clones were distributed in all regions, while the ST91 clone spread regionally. Analysis of species diversity revealed that among the C. freundii complex, C. portucalensis and C. braakii were also disseminated. This study analysed the largest collection of carbapenemase-producing Citrobacter sp. and helped to decipher the molecular epidemiology of Citrobacter sp. in France.