Dynamique du virome respiratoire et dysfonction immunitaire : caractérisation dans une cohorte de patients cérébro-lésés

Dynamics of the respiratory virome and immune dysfunction in a cohort of brain-injured patients

• Auteur / Autrice : Louise Castain
• Direction : Berthe-Marie Imbert-Marcille, Céline Bodin-Bressollette
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie médecine santé
• Date : Soutenance le 17/10/2023
• Etablissement(s) : Nantes Université
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Biologie-Santé (Nantes)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie
• Jury : Président / Présidente : Emmanuel Montassier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Vincent Foulongne
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Slim Fourati, Florence Morfin-Sherpa

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus respiratoires

Commotion cérébrale

Mots clés libres

Dysfonction immunitaire

Réanimation

Virome

Anelloviridae

Torque Teno Virus

Immune dysfunction

Intensive care unit

Virome

Anelloviridae

Torque Teno Virus

Résumé

Chez des patients hospitalisés en réanimation et considérés immunocompétents, il existe des altérations immunitaires qui favorisent les infections secondaires bactériennes et virales. Les réactivations des virus HSV et CMV ont notamment été associées à une augmentation de la morbi-mortalité de ces patients. Le diagnostic précoce de ces réactivations est de plus en plus recommandé dans la prise en charge de ces patients, même si les indications de mise en route d’un traitement antiviral sont encore en évaluation. Ces dernières années, l’exploration du virome humain, et notamment la part des Anelloviridae (AV) et plus particulièrement le Torque Teno Virus (TTV), a été proposée pour estimer le niveau d’immunocompétence de patients immunodéprimés à risque d’infections opportunistes. Afin d’identifier des biomarqueurs viraux associés à la dysfonction immunitaire et aux complications infectieuses observée chez ces patients,nous avons caractérisé les réactivations virales dans une cohorte de patients cérébro-lésés hospitalisés en réanimation au CHU de Nantes. A partir de prélèvements sanguins et endotrachéaux, nous avons décrit la réactivation HSV, la dynamique des charges virales (CV) TTV et AV dans les compartiments sanguin et respiratoire et la composition du virome respiratoire. Nos résultats montrent une fréquence élevée des réactivations HSV dans la cohorte, associée à un moins bon devenir neurologique et des CV AV sanguines significativement plus basses chez les patients développant une pneumonie nosocomiale et chez ceux développant un syndrome de détresse respiratoire aigu. L’étude longitudinale du virome respiratoire par métagénomique, vient compléter ces résultats. L’ensemble contribue à une meilleure compréhension des réactivations virales chez les patients cérébro-lésés en réanimation.

Patients hospitalized in intensive care unit (ICU) and considered immunocompetent, immune dysfunctions have been described that are associated an increased risk of secondary bacterial and viral infections. Among them, HSV and CMV reactivations have been associated with increased morbidity and mortality. Early diagnosis of these reactivations is therefore increasingly recommended in the management of these patients, even if the indications for initiating antiviral treatment are still being debated. Recently, exploration of the human virome, and in particular the dynamics of Anelloviridae (AV) with notably Torque Teno Virus (TTV), has been proposed as a way to estimate the level of immunocompetence in immunocompromised patients at risk of opportunistic infections. With the objective of identifying viral biomarkers associated with immune dysfunction and infectious complications observed in ICU patients, we have characterized viral reactivations in a cohort of brain-injured patients hospitalized in intensive care at Nantes University Hospital. From blood and endotracheal samples, we described HSV reactivation, the dynamics of TTV and AV viral loads in the blood and respiratory compartments, and the composition of the respiratory virome. Our results show a high frequency of HSV reactivation and significantly lower blood AV VL in patients developing hospital acquired pneumonia and in patients with acute respiratory distress syndrom. These results are complemented by a longitudinal study of the composition of the respiratory virome using metagenomics. Taken together, these results contribute to a better understanding of viral reactivation in brain-injured patients.