Etude de la terminaison de la transcription des ARNm issus de segment S ambisens du virus de la fièvre de la Vallée du Rift

Transcription termination study of the mRNA from the S ambisens segment of the Rift valley fever virus

• Auteur / Autrice : Estelle Lara
• Direction : Michèle Bouloy, Daniel Garin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Virologie
• Date : Soutenance en 2010
• Etablissement(s) : Paris 7

Mots clés

Mots clés contrôlés

Régions 5' non traduites

Transcription génétique

Régions terminatrices (génétique)

ARN viral

Virus de la fièvre de la vallée du Rift

Résumé

Le virus de la fièvre de la vallée du Rift appartient à la famille des Bunyaviridae et est le prototype du genre Phlebovirus. C'est un arbovirus, transmis à l'homme et au bétail par des moustiques, est à l'origine de nombreuses épizooties/épidémies. Le génome à ARN monocaténaire est fragmenté en trois segments : Large (L), Médium (M) et Small (S). Les segments L et M sont de polarité négative alors que le segment S adopte une stratégie de codage ambisens. La région 5' du brin génomique contient l'ORF de la protéine Non Structurale S (NSs) tandis que la région 5' du brin antigénomique comprend l'ORF de la Nucléoprotéine (N). Les deux ORFs sont séparées par une région intergénique de 82 nucléotides riche en nucléotides C (dans le sens génomique). La polymérase virale initie la transcription des ARNm par le mécanisme de capture de coiffe. Les ARNm viraux ainsi produits sont tous subgénomiques et ne sont pas polyadénylés à leur extrémité 3'. Ainsi, la transcriptase reconnait des signaux de terminaison de la transcription et arrête la synthèse des ARNm avant d'atteindre l'extrémité 5 de chaque matrice. Ces travaux identifient le site de terminaison des ARNm N et NSs respectivement au sein de l'IGR du segment S. Ils mettent aussi en évidence le rôle du motif 5'-GCUGC-3' qui doit être précédé d'une séquence riche en nucléotides C (ou G) dans la terminaison de la transcription des ARNm N et NSs. Il s'avère que, dans'cette séquence, le nombre et certaines positions des nucléotides C (ou G) sont essentiels pour que la polymérase reconnaisse le motif 5'-GCUGC-3 ' comme un signal de terminaison de la transcription.

The Rift Valley Fever Virus (RVFV) belongs to the Bunyaviridae family and is the prototype of the genus Phlebovirus. RVFV is an arbovirus transmitted by mosquitoes to humans and livestock that causes dramatic epidemies and epizootics. The RVFV genome comprises two segments of negative-sens RNA, designated Large (L), Medium (M) and, as a special feature for Phlebovirus es, the S segment has an ambisense polarity. The genome S serves as a template for N gene transcription. The antigenome S serves as a template for NSs gene transcription. A C-rich intergenic région (IGR) separates the two ORFs. The polymérase initiates transcription by the cap snatching mechanism. All of the viral mRNAs are subgenomic molecules and do not possess 3' poly(A) tails. This means that the transcriptase recognises termination signals and stops the transcription before the 5' end of each viral template. The present study determined the 3 ' termini of the N and NSs mRNAs in the IGR of the S segment. It also suggested the importance of the pentanucleotide séquence 5'-GCUGC-3' which must be associated to a rich C or G sequence for the N and NSs transcription terminations. The number and the positions of the nucleotides C (or G) are essential in this sequence for the pentanucleotide recognition like a transcription termination signal.