Analyse de la résistance aux antibiotiques et des infections nosocomiales à l'échelle d'une grande institution à travers les bases de données des laboratoires

Analysis of antimicrobial resistance and hospital-acquired infections in a large institution using laboratory databases

• Auteur / Autrice : Rishma Amarsy-Guerle
• Direction : Jérôme Robert
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Epidémiologie
• Date : Soutenance le 27/02/2024
• Etablissement(s) : Sorbonne université
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Pierre Louis de santé publique : épidémiologie et sciences de l'information biomédicale (Paris ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'immunologie et des maladies infectieuses (Paris ; 2014-....)
• Jury : Président / Présidente : Bruno Mégarbane
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Laurence Armand-Lefèvre, Jean-Winoc Decousser

Mots clés

Mots clés contrôlés

Assistance publique-Hôpitaux de Paris

Covid-19

Bactériémie

Infections nosocomiales

Résistance aux antibiotiques

Mots clés libres

Antibiorésistance

Infections nosocomiales

Bactériémies

COVID-19

Indicateurs

Antimicrobial resitance

Healthcare-Associated infections

Bloodstream infections

COVID-19

Benchmarking

Résumé

Qualifiée de pandémie silencieuse, l'antibiorésistance constitue un défi majeur pour la santé publique, en ville comme à l'hôpital. Les infections nosocomiales à bactéries sensibles ou résistantes aux antibiotiques constituent, quant à elles, une menace pour la qualité et la sécurité des soins.La surveillance de la résistance aux antibiotiques et des infections nosocomiales est primordiale. Une connaissance approfondie de ces deux fléaux est en effet indispensable à la formulation de stratégies préventives efficaces. Leur surveillance, au sens épidémiologique, permet de participer à l'information, et également de comparer les établissements, en y intégrant des données macroscopiques comme la consommation des antibiotiques, ou des solutés hydroalcooliques, ainsi que les informations individuelles des patients.Ce travail de thèse a été mené pendant la pandémie COVID-19 au sein de l'Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (APHP), plus grand centre hospitalier universitaire d'Europe. En entrainant une augmentation massive des activités de réanimation et de consommation d'antibiotiques, elle nous a conduit à une réorientation de nos objectifs vers l'évaluation des effets collatéraux de la pandémie sur les infections bactériennes nosocomiales et l'antibiorésistance au sein de nos hôpitaux. Nous sous sommes concentrés sur les bactériémies en exploitant les données des hémocultures, disponibles dans les laboratoires de bactériologie de l'AP-HP.Nous avons montré que cette période s'est accompagnée, non seulement d'une augmentation de l'incidence des bactériémies, mais aussi de la résistance aux antibiotiques chez les entérobactéries. En revanche, nous avons observé une diminution des infections invasives à streptocoque A et pneumocoque, espèces bactériennes dont la transmission est maitrisée par le port d'un masque. Une revue d'une épidémie à bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe) au sein d'un service de réanimation fortement impacté par la pandémie complète ces études.Dans un deuxième temps, nous avons exposé l'hétérogénéité des taux d'infections nosocomiales et d'antibiorésistance au sein de l'AP-HP. Cette hétérogénéité n'est pas simplement due à une différence de consommation en antibiotiques. En travaillant sur de nouveaux indicateurs de résistance ou d'infections, nous avons identifié des facteurs structuraux et organisationnels expliquant une plus grande fréquence de ces phénomènes.Il est probable que des facteurs individuels, à l'échelle des malades, comme la gravité de la maladie (case-mix) soient également liés à un plus grand risque. Cela fera l'objet de nos travaux futurs dans lesquels sera utilisé l'entrepôt de données de santé (EDS) de l'AP-HP.La systématisation dans le temps de ce système de surveillance permettra d'identifier les axes prioritaires, ainsi que le pilotage des politiques de prévention et des actions ciblées mises en place.

Considered as a silent pandemic, antimicrobial resistance (AMR) is a major public health issue, that, combined with hospital-acquired infections (HAIs) threaten the quality and safety of hospital care. Monitoring antibiotic resistance and nosocomial infections is one of the cornerstones of preventing these phenomena. Surveillance programs are key in bringing a comprehensive knowledge of the current situation, essential for an effective implementation of prevention strategies. Surveillance of these phenomena can also be used for comparisons between facilities if we take care to take into account other factors of importance such as antibiotic and alcohol-based hand rub consumptions, and individual patient data.This thesis was conducted at the Assistance Publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP), Europe's largest university hospital centre, during the COVID-19 pandemic. The significant rise in intensive care activities and antibiotic consumption has prompted us to redirect our objectives to assess the COVID-19 impacts on HAIs and AMR in our hospitals. Our study focused on bloodstream infections, by using data on blood cultures, collected from AP-HP bacteriology laboratories.We have demonstrated that this period was accompanied not only by an increase in the incidence of bacteraemia, but also in AMR among Enterobacteriales.Of interest, we have observed a decrease in invasive infections induced by Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pyogenes, bacterial types which transmission can be controlled by wearing a mask.A review of a carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) outbreak in an intensive care unit heavily impacted by the pandemic completes these studies.Additionally, we explore the irregularity of HAI and AMR rates within the AP-HP. This inconsistency cannot solely be attributed to variations in antibiotic consumption. Through the development of new indicators for resistance and infections, we have identified structural and organisational factors that are linked to a higher frequency of these phenomena.Individual patient factors, such as the severity of illness (case-mix), are likely to be associated with an increased risk of resistance. We will investigate this further in our future research using the AP-HP Clinical Data Warehouse.The systematisation of this surveillance over time will make it possible to identify priority areas and steer prevention policies and targeted actions.