Prévalence, identification et caractérisation des bactéries du genre Mycoplasma détectées dans les affections respiratoires équines

Prevalence, identification and characterisation of bacteria belonging to the Mycoplasma genus detected in equine respiratory disorders

• Auteur / Autrice : Matthieu Martineau
• Direction : Albertine Léon, Florence Tardy
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences de la vie et de la santéé
• Date : Soutenance le 13/12/2023
• Etablissement(s) : Normandie
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Normande de biologie intégrative, santé, environnement (Mont-Saint-Aignan, Seine-Maritime)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Dynamique microbienne associée aux infections urinaires et respiratoires (Rouen ; 2022-....)
• Partenaire(s) de recherche : établissement co-accrédité : Université de Caen Normandie (1971-....)
• Jury : Président / Présidente : Olivier Join-Lambert
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Corinne Marois, Christian Ducrot, Valérie Picandet, Jean-Philippe Amat
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Corinne Marois, Christian Ducrot

Mots clés

Mots clés contrôlés

Mycoplasma equirhinis

Mycoplasma

Diagnostic

Maladies respiratoires

Cheval -- Maladies

Mots clés libres

Équidés

Equine

Respiratory disorders

Mycoplasma

M. equirhinis

Diagnosis

Résumé

Les affections respiratoires sont la seconde cause de contre-performance chez le cheval athlète. Elles sont associées à un ensemble de signes cliniques dont certains sont déclenchés ou exacerbés par la présence de micro-organismes dans la sphère respiratoire de l’animal. Les bactéries du genre Mycoplasma, atypiques par leurs caractéristiques phénotypiques et génomiques, ont été décrites comme associées à des infections respiratoires à l'échelle mondiale, tant chez l’homme que les animaux d'élevage. Elles sont retrouvées avec une prévalence proche de 15 % dans les lavages respiratoires équins reçus pour diagnostic sans que leur rôle clinique ne soit clairement défini. Pour comprendre le rôle de ces bactéries, un protocole mixte, associant culture et amplification génique à partir d’un enrichissement sur bouillon du prélèvement initial, a été validé. Cette méthode a été utilisée sur 1948 échantillons de 1764 chevaux, reçus sur la période 2020-2022. La prévalence des bactéries du genre Mycoplasma a été affinée à 16,1% avec une prédominance de l’espèce M. equirhinis (85,3%). La détection de M. equirhinis n’a pas pu être associée à des signes cliniques rapportés par les vétérinaires. Toutefois, une détection plus importante chez les chevaux de races de course et ceux vivant en box, dans les lavages trachéaux, a été mise en évidence. Dans les liquides bronchoalvéolaires, M. equirhinis a été identifié de façon concomitante à une inflammation à médiation neutrophilique. La prévalence de M. equirhinis est augmentée en présence d’autres micro-organismes tels que Streptococcus zooepidemicus, EHV-5 et Actinobacillus equuli. L’analyse des génomes de diverses souches de M. equirhinis montre une homogénéité importante de l’espèce malgré la présence d’éléments génétiques mobiles. Les gènes associés à la virulence retrouvés sont caractéristiques du genre Mycoplasma et très similaires à ceux détectés dans l’espèce M. hominis, un pathogène opportuniste de la sphère génitale chez l’homme, phylogénétiquement très proche de M. equirhinis. Tous ces éléments conduisent donc à considérer M. equirhinis comme un agent opportuniste au sein d’un complexe respiratoire équin, qu’il s’agira de caractériser plus finement par sa détection quantitative dans les prélèvements initiaux et l’analyse plus global du microbiote respiratoire.

Respiratory disorders are the second most common cause of poor performance in horses and are associated with numerous clinical signs. Some of these are caused or enhanced by microorganisms present in the equine respiratory tract. Bacteria of the Mycoplasma genus, which have atypical phenotypic and genomic characteristics, have been described to be associated with respiratory infections worldwide, in both humans and domesticated animals. Their prevalence has been estimated to be close to 15% in equine respiratory samples submitted for diagnosis, while their clinical role is unclear. To assess their role, a hybrid protocol combining culture and gene amplification from broth enrichment of the initial clinical specimen was validated. This method was used on 1,948 samples from 1,764 horses received over the 2020-2022 period, and the prevalence of Mycoplasma bacteria was refined to 16.1%, with a predominance of M. equirhinis species (85.3%). Detection of M. equirhinis was not associated with specific clinical signs reported by the veterinarians. However, a higher detection in tracheal washes was observed in racehorses and stabled horses. In bronchoalveolar lavages, M. equirhinis was detected in association with neutrophil-mediated inflammation. The prevalence of M. equirhinis is increased when other microorganisms, such as Streptococcus zooepidemicus, EHV-5, and Actinobacillus equuli were detected. Genomic analysis of a panel of M. equirhinis strains shows that this species is homogeneous, despite the presence of mobile genetic elements. The virulence-associated genes found are characteristic of the Mycoplasma genus and very similar to those found in M. hominis, an opportunistic pathogen of the human genital tract, and phylogenetically very close to M. equirhinis. All these elements suggest that M. equirhinis is an opportunistic agent involved in the equine respiratory complex, which should be characterized more precisely by its direct quantitative detection in samples and by analysis of the respiratory microbiota.