Développement d'une technologie fluidique pour la purification et le fractionnement en taille d'échantillons d'ADN à l'échelle du millilitre par migration électro-hydrodynamique
Auteur / Autrice : | Paul Bruand |
Direction : | Pierre Joseph, Aurélien Bancaud |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Micro nano systèmes |
Date : | Soutenance le 24/01/2023 |
Etablissement(s) : | Toulouse, INSA |
Ecole(s) doctorale(s) : | École Doctorale Génie Électrique, Électronique et Télécommunications : du système au nanosystème (Toulouse) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : LAAS - Laboratoire d'Analyse et d'Architecture des Systèmes - Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes / LAAS |
Jury : | Président / Présidente : Laurence Salomé |
Examinateurs / Examinatrices : Thomas Alava | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Yannick Coffinier, Jean-Christophe Galas |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Mots clés libres
Résumé
La préparation d’un échantillon d’ADN est une étape obligatoire de sa chaîne analytique. Réalisée concomitamment ou postérieurement à l’extraction d’ADN de l’organisme ciblé, la préparation inclut une étape de concentration voire de fractionnement en fonction de la taille des chaînes d’ADN. Les outils de préparation d’ADN sont le plus souvent fondés sur des colonnes de silice et quelques fois aussi l’électrophorèse sur gel. Ils sont laborieux en temps de main d’œuvre et leur rendement pas toujours au rendez-vous. Ces considérations sont particulièrement critiques pour la préparation de l’ADN circulant dans le sang, un biomarqueur prometteur, car il est très dilué, présentant des tailles variées de petits fragments de 100 pb (paires de bases) à plus de 2 kpb et dissous dans des fluides biologiques complexes avec des sels et des protéines.Nous avons investigué le potentiel de la technologie µLAS pour la préparation d’ADN. Fondée sur la migration d’ADN dans un fluide viscoélastique et sous écoulement électro-hydrodynamique, elle permet d’analyser des solutions complexes avec des sensibilités au fg/µL. Cela dit, son débit actuel de quelque µL/min n’est pas adapté à préparation d’ADN. Aussi, nous avons parallélisé µLAS avec une membrane isopore intégrée à un système macrométrique imprimé en 3D pour atteindre des performances adaptées à la purification à travers des centaines de milliers de canaux microfluidiques en simultané. Nous avons réalisé le traitement haut débit (300 µL/min) de quelques mL d’ADN dans une gamme de taille comprise entre 200 paires de bases (pb) et 50 kpb, avec une concentration jusqu’à 10 fois et la purification des sels. Le procédé, d’une durée inférieure à dix minutes, présente également l’avantage de fonctionner à faibles amplitudes d’actionnement : une pression inférieure à 2 bar et une tension inférieure à 50 V rendant cette technologie facilement accessible. Pour terminer, nous discutons le potentiel de notre technologie pour la préparation d’échantillons pour leur caractérisation par séquençage.