Fouille de données spatio-temporelles pour l’étude du risque de transmission résiduelle du paludisme à échelle paysagère en milieu rural ouest-africain

Spatio-temporal data mining to study the risk of malaria residual transmission at a landscape scale in rural West Africa

• Auteur / Autrice : Paul Taconet
• Direction : Nicolas Moiroux
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ecologie et biodiversité
• Date : Soutenance le 02/06/2022
• Etablissement(s) : Université de Montpellier (2022-....)
• Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (Montpellier)
• Jury : Président / Présidente : Florence Fournet
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Nicolas Moiroux, Florence Fournet, Ibrahima Dia, Catherine Linard, Jean Gaudart, Emmanuel Roux
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Ibrahima Dia, Catherine Linard

Mots clés

Mots clés contrôlés

Épidémiologie

Moustiques -- Vecteurs de maladies

Biologie

Géomatique

Mots clés libres

Modélisation statistique

Geomatique

Biologie

Vecteurs

Épidémiologie

Résistance

Statistical modeling

Gis

Biologie

Vector

Epidemiology

Resistance

Résumé

La lutte contre la transmission du paludisme fait aujourd'hui face au ralentissement des progrès enregistrés au cours des quinze premières années du 21è siècle. Pour les redynamiser, il est nécessaire de passer d’une approche universelle de la prévention à une approche ciblée, adaptée au faciès local du risque de transmission. Ces stratégies nécessitent de décrire, comprendre et prédire le risque de transmission du paludisme à des échelles spatio-temporelles fines - adaptées à la prise de décision locale. Dans cette thèse, nous avons tenté d’expliquer et évaluer la prédictibilité dans l’espace et dans le temps, à échelle paysagère en milieu rural ouest-africain (au Burkina Faso et Côte d'Ivoire), de plusieurs indicateurs entomologiques du risque de transmission : présence et abondance des anophèles, résistances physiologiques et comportementales des anophèles aux insecticides. Nous avons pour cela utilisé des données entomologiques et environnementales hétérogènes, spatialisées et temporalisées, multi-source et multi-échelle (images satellitaires, capteurs micro-climatiques, enquêtes de comportement humains, etc.), et des méthodes de fouille de données avancées (notamment basées sur l’interprétation des modèles d’apprentissage automatique), dans des approches holistico-inductives de la génération de connaissances scientifiques. Nos résultats ont montré à l'échelle des villages une forte hétérogénéité spatio-temporelle des densités vectorielles, et une relative homogénéité de la prévalence des phénotypes / génotypes résistants. À partir des associations capturées par les modèles statistiques, nous avons émis de nombreuses hypothèses sur les déterminants environnementaux (climatiques, paysagers, socio-culturels, etc.) des différents indicateurs entomologiques étudiés ; autrement dit sur l’impact de l’environnement sur les traits de vie des vecteurs. Nos modèles étaient en mesure de prédire correctement et anticiper plusieurs semaines à l’ avance les densités vectorielles à l’échelle du village, ce qui n’était pas le cas pour les résistances aux insecticides. À l'issue de ce travail, nous faisons des propositions pour l'amélioration (i) des méthodes actuelles de lutte anti-vectorielle, (ii) de l’utilisation de la science et ingénierie des (géo-)données en général, et de la modélisation statistique en particulier, pour la recherche et le contrôle du paludisme, et (iii) des outils de surveillance et prévention du risque de transmission du paludisme à échelle locale en milieu rural ouest-africain.

The fight against malaria transmission is currently stalling. To reinvigorate progress, we must shift from a universal approach of prevention to a targeted one, adapted to the local transmission risk profile. Such strategy requires to characterise, understand, and predict the risk of transmission of malaria at fine spatial and temporal scales, i.e. scales suitable for local decision-making. In this thesis, we have attempted to explain and evaluate the spatial and temporal predictability of several entomological indicators of transmission risk at a landscape scale in rural West Africa (in Burkina Faso and Côte d'Ivoire) : presence, abundance of anopheles, physiological and behavioral resistance to insecticides. We used heterogeneous, spatio-temporal, multi-source and multi-scale entomological and environmental data, and data mining methods (among others, based on interpretable machine learning techniques), in a holistic-inductive approach to scientific knowledge generation. Our results showed strong spatio-temporal heterogeneities in vector abundances at the village scale, and relative homogeneities in the prevalence of vector resistances. Based on the associations captured by the statistical models, we made numerous hypotheses on the environmental determinants (climatic, landscape, socio-cultural, etc.) of the various entomological indicators studied ; in other words, on the impact of environmental conditions on the vectors' life traits. Our models were able to acurately forecast vector abundances at the village scale several weeks ahead, which was not the case for the prevalence of insecticide resistance. At the end of this work, we make proposals for the improvement of (i) current vector control methods, (ii) the use of (geo)data science and data engineering in general, and statistical modelling in particular, for malaria research and control, and (iii) tools for the surveillance and prevention of malaria transmission risk at the loca l scale in rural West Africa.