Développement de statégies analytiques quantitatives pour l'étude des protéines, de leurs phosphorylations et glycations

Development of quantitative analytical strategies to study proteins, their phosphorylation and glycation

• Auteur / Autrice : Charlotte Brun
• Direction : Fabrice Bertile, Christine Schaeffer-Reiss
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie analytique
• Date : Soutenance le 05/10/2022
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
• Jury : Président / Présidente : Myriam Ferro
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Myriam Ferro, Philippe Marin

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéines -- Modifications posttraductionnelles

Spectrométrie de masse

Chimie analytique

Mots clés libres

Analyse protéomique quantitative

Spectrométrie de masse

Modifications Post-Traductionnelles (PTMs)

Quantitative Proteomics

Mass Spectrometry

Post-Translational Modifications (PTMs)

Résumé

L’analyse protéomique par spectrométrie de masse permet l’étude de systèmes biologiques complexes en identifiant et quantifiant les protéines impliquées et en caractérisant leur structure. Cette stratégie peut aussi être appliquée à l’étude des modifications post-traductionnelles des protéines, niveau de complexité supplémentaire du protéome. Ce travail de thèse est axé sur la mise en place de stratégies analytiques quantitatives globales de type « label-free » pour explorer les mécanismes biologiques à l’œuvre chez l’ours brun et le lérot hibernants. D’autre part, des développements pour l’analyse quantitative des phosphorylations dans des tissus musculaires et des glycations dans des échantillons plasmatiques ont été réalisés, de la préparation des échantillons avec notamment des stratégies d’enrichissement par chromatographies d’affinité et de fractionnement peptidique, jusqu’au traitement des données de spectrométrie de masse par diverses solutions logicielles.

Proteomic analysis by mass spectrometry enables the study of complex biological systems by identifying and quantifying their proteins and characterising their structure. This strategy can also be applied to the study of post-translational modifications, an additional level of complexity in the proteome. This thesis work focuses on the implementation of global quantitative label-free strategies to explore the biological mechanisms at work in the hibernating brown bear and garden dormouse. On the other hand, developments for the quantitative analysis of phosphorylations in muscle tissues and glycations in plasma samples were carried out, from the sample preparation with enrichment strategies by affinity chromatography and peptide fractionation, to the processing of mass spectrometry data by several software solutions.