Etudes de dynamiques et interactions biomoléculaires, en combinant synthèse chimique et spectroscopie RMN
Auteur / Autrice : | Emeline Mestdach |
Direction : | Loïc Salmon |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Chimie |
Date : | Soutenance le 26/09/2022 |
Etablissement(s) : | Lyon, École normale supérieure |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale de Chimie (Lyon ; 2004-....) |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Centre de RMN à très hauts champs de Lyon (2009-...) |
Jury : | Président / Présidente : Éric Ennifar |
Examinateurs / Examinatrices : Loïc Salmon, Éric Ennifar, Virginie Gervais, Cameron Mackereth, Catherine Bougault, Guido Pintacuda | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Virginie Gervais, Cameron Mackereth |
Mots clés
Résumé
Ma thèse portait sur le développement de méthodologies de RMN biomoléculaire pour caractériser la dynamique et les interactions de molécules biologiques, en explorant de nouveaux horizons de la biologie, de la chimie et de la spectroscopie RMN. Mes travaux ont d’abord porté sur les micro-ARN (miARN), des régulateurs génétiques clés, capables de bloquer la traduction des ARN messagers (ARNm). Le miARN let-7 et ses cibles ont été synthétisés chimiquement pour incorporer des sondes 19F, permettant de décrire l’interaction entre let-7 et ses ARNm cibles par RMN. Le deuxième projet était centré sur un ARN de transfert (ARNt), un composant essentiel de la traduction. La modulation de la dynamique de l’ARNt a été étudiée à l’aide de la relaxation de spin 15N, dans le contexte de la maturation de l’ARNt. Les vitesses de relaxation ont ainsi été mesurées à plusieurs champs et analysées pour entrevoir la dynamique rapide de ce système. La troisième étude visait à caractériser une protéine impliquée dans l’infection de bactérie par le bactériophage T5, et à sonder son interaction avec son récepteur membranaire. L’attribution des résonances de la protéine LLP impliquée dans l’infection par le phage a été réalisée, ainsi que la caractérisation de la structure 3D. La relaxation de spin a été utilisée pour entrapercevoir la dynamique de LLP et une titration avec le récepteur bactérien a permis de révéler l’interface de liaison. Un projet complémentaire (non détaillé ici) concernait l’ étude dynamique d’une aquaporine, une protéine membranaire jouant le rôle de passeur d’eau, par RMN du solide à plusieurs champs. Tous ces exemples illustrent comment la spectroscopie RMN peut sonder des processus dynamiques complexes dans divers contextes biologiques.