Introduction à la nanoarchaeologie clinique

Résumé

Nos travaux de Thèse ont été consacrés à l’étude d’un groupe particulier d’archaea, les nanoarchaea à propos desquels notre revue exhaustive de la littérature indique que ces nanomicrobes sont connus comme des archaea environnementales extrême, de petite taille, vivant comme ectosymbiontes et/ou parasites associés à différents hôtes; présentant des capacités métaboliques réduites codées par un petit génome; sans représentant connu dans les microbiotes humains. C’est pourquoi nous avons investigué la présence de nanoarchaea en microbiologie clinique. Nous avons optimisé des protocoles de détection spécifiques des nanoarchaea dans les échantillons cliniques. En particulier, nous avons développé un système de co-culture qui a permis la découverte pour la première fois d'une nouvelle espèce de nanoarchaea que nous avons caractérisée et nommée Nanopusillus massiliensis (N. massiliensis), co-isolée avec l’archaea méthanogène Methanobrevibacter oralis (M. oralis) à partir de la cavité orale. La découverte suivante de Candidatus Nanopusillus phoceensis (C. Na. phoceensis) dans le microbiote intestinale établit les nanoarchaea comme des nanomicrobes négligés de certains microbiotes cliniques. L’analyse génomique de ces nanoarchaea a montré un profil de résistance aux antibiotiques proche de celui des archaea hôtes, qui devra être confirmé par des études expérimentales de sensibilités et résistances, in vitro. Notre travail de Thèse ouvre un nouveau domaine en microbiologie clinique, que nous avons appelé nanoarchaeologie clinique, ouvrant des perspectives de recherche des nanoarchaea dans les microbiotes et dans des prélèvements cliniques collectés en situations pathologiques.

mots clés

Titre traduit

Introduction to clinical nanoarchaeology
Résumé

Our thesis work was devoted to the study of a particular group of archaea, the nanoarchaea about which our exhaustive review of the literature indicates that these nanomicrobes are currently known as as environmental archaea, hyperthermophilic, of small size, living as ectosymbionts and/or parasites associated with different hosts; presenting reduced metabolic capacities encoded by a small genome; with no known representative in human microbiota. Therefore, we investigated the presence of nanoarchaea in clinical microbiology. We have optimized specific detection protocols for nanoarchaea in clinical samples. In particular, we developed a co-culture system that allowed the discovery for the first time of a new nanoarchaea species that we characterized and named Nanopusillus massiliensis (N. massiliensis), co-isolated with the methanogenic archaea Methanobrevibacter oralis (M. oralis) from the oral cavity. The subsequent discovery of Candidatus Nanopusillus phoceensis (C. Na. phoceensis) in the gut microbiota establishes the nanoarchaea as neglected nanomicrobes of some clinical microbiota. The genomic analysis of these nanoarchaea showed an antibiotic resistance profile close to that of the host archaea, which should be confirmed by experimental studies of sensitivities and resistances, in vitro. Our thesis work opens a new field in clinical microbiology, which we called clinical nanoarchaeology, opening perspectives of research of nanoarchaea in microbiota and in clinical samples collected in pathological situations.