Stratégies de diagnostic des infections respiratoires virales aux urgences

Strategies for the rapid diagnosis of viral respiratory infections in the emergency room

• Auteur / Autrice : Donia Bouzid
• Direction : Jean-Christophe Lucet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Épidemiologie clinique
• Date : Soutenance le 28/05/2021
• Etablissement(s) : Université Paris Cité
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Pierre Louis de santé publique : épidémiologie et sciences de l'information biomédicale (Paris ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Infection, anti-microbien, modélisation, évolution (Paris)
• Jury : Président / Présidente : Charlotte Charpentier
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Charlotte Charpentier, Caroline Landelle, Matthieu Revest, Solen Kernéis, Pierre Hausfater, Frédéric Adnet
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Caroline Landelle, Matthieu Revest

Mots clés

Mots clés contrôlés

Analyse sur le lieu d'intervention

Grippe humaine

Épidémiologie

Épidémie de Covid-19

Tests de diagnostic rapide

Hôpitaux -- Services des urgences

Mots clés libres

Influenza

SARS-CoV-2

Diagnostic rapide

Service d’accueil des urgences

Isolement

Influenza

SARS-CoV-2

Point of care testing

Emergency department

Single room assignment

Résumé

Les infections respiratoires hautes et basses constituent un motif fréquent de recours aux soins. Parmi les suspicions d’infections respiratoires basses aux urgences, les virus respiratoires sont retrouvés dans 30 à 50% des cas. Leur diagnostic précis et rapide est nécessaire au bon usage des anti-infectieux, au recours à l’hospitalisation, à la gestion du flux de patients et à l’instauration des mesures de précaution nécessaires. Nous avons évalué l’impact de l’implémentation d’une PCR multiplex permettant un diagnostic syndromique rapide et délocalisé dans un service d’accueil des urgences des virus responsables d’infections respiratoires. Dans un premier temps, nous avons réalisé une revue narrative des tests microbiologiques disponibles puis nous avons: 1) Étudié l’impact du délai de réponse du laboratoire de virologie centralisé (médiane 18h) sur les stratégies de placement en chambre seule des patients présentant une infection par des virus influenza, 2) Mené une étude de faisabilité de l’implémentation d’une technique de PCR syndromique rapide délocalisée aux urgences, 3) Évalué prospectivement l’impact de la réponse virologique rapide sur la prise en charge des patients suspects d’infections respiratoires basses à l’aide d’une essai clinique contrôlé, 4) Etudié, au début de la pandémie de SARS-CoV-2, les caractéristiques cliniques et biologiques qui permettaient de distinguer les patients infectés par le SARS-CoV-2 ou un autre virus respiratoire comme les virus influenza, le VRS ou le rhinovirus. Nous avons ainsi montré : - que le long délai de rendu du laboratoire centralisé ne permettait pas une prise en compte efficace du résultat de PCR pour le placement des patients grippés en chambre seule, que le diagnostic viral délocalisé aux urgences est possible et permet plus d’hospitalisation en chambre seule pour les patients influenza positif au cours de l’étude randomisée (74% vs 50%), mais pas trouvé de bénéfice du diagnostic délocalisé sur la durée de l’antibiothérapie ou de l’hospitalisation. - que la fièvre, l’âge, le sexe masculin et l’absence d’expectoration étaient plus fréquemment associés au diagnostic d’un SARS-CoV-2 que d’un autre virus respiratoire et que la co-infection d’un SARS- CoV-2 avec un autre virus respiratoire n’était pas associée à un pronostic plus sévère.Il parait aujourd’hui nécessaire d’intégrer la mPCR dans une stratégie plus large, incluant scanner et marqueurs d’inflammation, pour une prise en charge optimale aux urgences et impacter la consommation d’antibiotiques et les durées de séjours.

Upper and lower respiratory infections are a frequent reason for seeking treatment. Among the suspicions of lower respiratory infections in emergency rooms, respiratory viruses are found in 30 to 50% of cases. Their precise and rapid diagnosis is necessary for the proper use of anti-infectives, for hospitalization, for the management of the flow of patients, and the establishment of the necessary precautionary measures. We evaluated the impact of the implementation of a multiplex PCR allowing a rapid and delocalized syndromic diagnosis in an emergency department of the viruses responsible for respiratory infections. First, we carried out a narrative review of the available microbiological tests, then we:- Studied the impact of the response time of the centralized virology laboratory (median 18h) on room-only placement strategies for patients with influenza virus infection,- Conducted a feasibility study on the implementation of a rapid syndromic PCR technique relocated to the emergency room, -Prospectively evaluated the impact of the rapid virological response on the management of patients with suspected lower respiratory infections using a controlled clinical trial, - Studied, at the start of the SARS-CoV-2 pandemic, the clinical and biological characteristics which made it possible to distinguish patients infected with SARS-CoV-2 or another respiratory virus such as influenza viruses, RSV, or rhinovirus.We have thus shown:- that the long turnaround time from the centralized laboratory did not allow effective consideration of the PCR result for the single room assignment of influenza-positive patients - that delocalized viral diagnosis in the emergency room is possible and allows more room-only hospitalization for influenza-positive patients during the randomized study (74% vs 50%), but no benefit was found from delocalized diagnosis throughout antibiotic therapy or hospitalization. - that fever, age, male sex, and absence of sputum were more frequently associated with the diagnosis of SARS-CoV-2 than with any other respiratory virus, and co-infection with SARS- CoV-2 with another respiratory virus was not associated with a more severe prognosis. It now seems necessary to integrate mPCR into a broader strategy, including CT scan and inflammation markers, for optimal management in emergencies and impact the consumption of antibiotics and the length of stays