Approches intégrées en écologie de la conservation des oiseaux marins : cas de l’utilisation d'autovaccins pour la conservation des albatros sur l'île d'Amsterdam

Integrated approaches in conservation ecology of seabirds : the case of the use of autologous vaccines for the conservation of albatrosses on Amsterdam Island

• Auteur / Autrice : Jérémy Tornos
• Direction : Thierry Boulinier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Ecologie et Biodiversité
• Date : Soutenance le 06/07/2021
• Etablissement(s) : Montpellier
• Ecole(s) doctorale(s) : GAIA (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (Montpellier)
• Jury : Président / Présidente : Nathalie Charbonnel
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Thierry Boulinier, Nathalie Charbonnel, Bruno Faivre, Julien Gasparini, Maria Dias, Raul Ramos
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Bruno Faivre, Julien Gasparini

Mots clés

Mots clés contrôlés

Conservation des ressources (biologie)

Indien, Océan (sud-ouest)

Albatros (oiseaux)

Pasteurella multocida

Mots clés libres

Biologie de la conservation

Ecologie de la santé

Vaccination

Pasteurella Multocida

Albatros

Cholera aviaire

Conservation biology

Disease ecology

Vaccine

Pasteurella multocida

Albatrosses

Avian cholera

Résumé

L’Albatros à nez jaune de l’océan indien (Thalassarche carteri) est une espèce menacée d’extinction dont la population principale, qui se reproduit sur l’île Amsterdam (Terres Australes et Antarctiques Françaises), connait un déclin et une très forte mortalité des jeunes individus depuis plusieurs décennies. La bactérie responsable du choléra aviaire, Pasteurella multocida, est suspectée comme étant à l'origine de ces mortalités et notre équipe évalue depuis plusieurs années maintenant l'utilisation d'un vaccin pour protéger les poussins, via leur vaccination directe, mais aussi celle des femelles reproductrices susceptibles de transmettre des anticorps protecteurs à leur poussin. Le vaccin utilisé est un vaccin autologue (autovaccin) spécifiquement développé par Ceva-Biovac contre une souche de la bactérie Pasteurella multocida isolée sur cadavre d’albatros. Suite à l’obtention de premiers résultats prometteurs, les objectifs de la thèse étaient d’ajuster le protocole de vaccination, mais également de mieux appréhender et décrire les processus éco-épidémiologiques en jeu au sein des populations de vertébrés de l’île Amsterdam. Ceci a reposé sur l'analyse fine du suivi de couples reproducteurs année après année, mais aussi sur l'utilisation de données éco-épidémiologiques expérimentales complémentaires, notamment une nouvelle formulation du vaccin. Une diversité de pathogènes responsables de mortalités a pu être caractérisée. L’âge optimal de vaccination des poussins parait être vers 10 jours et la vaccination des femelles reproductrices semble pouvoir protéger les poussins pendant plusieurs années, mais la forte densité de rats (Rattus norvegicus) actifs dans les colonies a rendu difficile l’identification d’un effet protecteur fort du vaccin. Les résultats obtenus améliorent la compréhension des mécanismes de circulation d'agents infectieux chez des espèces à reproduction coloniale et permettront de comparer les bénéfices relatifs attendus de différents scénarios de vaccination. Le travail montre l’importance d’intégrer des approches complémentaires, notamment du domaine biomédical et de l’écologie des populations, pour aborder la problématique de l’émergence de maladies infectieuses dans le contexte des changements environnementaux actuels.

The largest population of the endangered Indian yellow-nosed albatross (Thalassarche carteri) is breeding on Amsterdam Island (French Southern and Antarctic Lands), where it has been declining and experiencing a very high mortality of nestlings over the last decades. Pasteurella multocida, the causative agent of avian cholera, is suspected to be responsible for these mortalities and the use of a vaccine to protect albatross nestlings has been evaluated for a few years. Direct vaccination of the nestlings has been tested, but also a potential protective effect via a transfer of maternal antibodies. The vaccine used was a specifically tailored vaccine (autologous vaccine) developed by Ceva Biovac against a strain of Pasteurella multocida isolated from a dead albatross on the island. Based on promising initial results, the objectives of the thesis were to adjust the vaccination protocol and to improve our knowledge of the eco-epidemiological processes involving vertebrate populations breeding on Amsterdam Island. The work has been based on a close monitoring of breeding individuals within and between years, and on novel experimental data, in particular with the use of a new formulation of the vaccine. We found that a diversity of pathogens was involved in the mortalities and that an optimal age for the vaccination of nestlings is at about 10 days after hatching. We also found evidence that the vaccination of breeding females could protect nestlings against avian cholera over several years. However, the high density of brown rats (Rattus norvegicus) in the bird colony prevented a strong protective effect of the vaccine. These results improve our knowledge of the mechanisms of pathogen circulation in colonial breeding species. In addition, they provide useful elements for assessing the relative benefits expected from different vaccination scenarios. This thesis shows the importance of integrating complementary approaches, particularly from the biomedical field and population ecology, to address issues related to the emergence of infectious diseases in the current context of environmental change.