Identification de gènes impliqués dans la qualité des viandes chez les bovins allaitants français

Identification of genes involved in meat quality in French beef cattle breeds

• Auteur / Autrice : Abdelmajid El hou
• Direction : Blanquet Véronique, Romain Philippe
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Génomique et biologie moléculaire
• Date : Soutenance le 10/12/2021
• Etablissement(s) : Limoges
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences Biologiques et Santé (Limoges ; 2018-2022)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : PEIRENE
• Jury : Président / Présidente : Sandrine Lagarrigue
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Blanquet Véronique, Romain Philippe, Dominique Rocha, Yuliaxis Ramayo-Caldas
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Sandrine Lagarrigue, Carole Charlier

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bovins

Mots clés libres

SNP

Déséquilibre de liaison

LRLD

GWAS

Bovin

Qualité de la viande

SNP

Linkage desequilibrium

LRLD

GWAS

Cattle

Meat quality

Résumé

Les méthodes classiques de sélection animale ne permettent pas d’améliorer la qualité sensoriel et organoleptique de la viande vu la complexité de prise des mesures en routine de ces caractères. L’utilisation de la génomique pourrai donc être l’alternative pour améliorer ces caractères en cherchant des marqueurs moléculaires qui sont en fort déséquilibre de liaison avec les mutations causales qui expliquent une part de la variabilité phénotypique. Mais tout d’abord, une analyse de la structure du déséquilibre de liaison à l’échelle du génome pourra être intéressante d’un point de vu fondamental afin de comprendre à quel point les allèles sont transmis ensemble de génération en génération.Ma thèse consiste à réaliser une étude du déséquilibre de liaison à longue distance (LRLD) dans les principales races bovines allaitantes françaises (Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine). Le deuxième volet de ma thèse a consisté à rechercher des variants associés à la qualité de la viande et aux aptitudes bouchères chez les principales races bovines allaitantes françaises à l’aide des données de séquence du génome complet.

Classical methods of animal selection do not improve the sensory and organoleptic quality of meat due to the complexity of taking routine measurements of these qualities. The use of genomics could therefore be the alternative to improve these traits by looking for molecular markers that are in strong linkage disequilibrium with the causal mutation that explains part of the phenotypic variability. But first of all, an analysis of the structure of the linkage disequilibrium at the genome level could be interesting from a fundamental point of view in order to understand to which extent the alleles are transmitted together from generation to generation.My PhD thesis consists of a study of long-range linkage disequilibrium (LRLD) in the main French beef cattle breeds (Charolaise, Limousine and Blonde d’Aquitaine), in the framework of the GEMBAL project. The second part of my thesis consisted in searching for variants associated with meat quality and meat aptitude in the main French beef cattle breeds using whole genome sequence data. in the main French beef cattle breeds, in the framework of the Qualvigène project