Développement d’approches protéomiques pour l’identification, la détection spécifique et la quantification de pathogènes

Proteomic developments for identification, specific detection and quantification of pathogens

• Auteur / Autrice : Liz Paola Cantero Mendieta
• Direction : Laurence Sabatier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie analytique
• Date : Soutenance le 20/10/2020
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
• Jury : Président / Présidente : Yves Hansmann
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Marin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Delphine Pflieger, François Becher

Mots clés

Mots clés contrôlés

Agents pathogènes

Protéomique

Chimie analytique

Mots clés libres

Protéomique non ciblée

Protéomique ciblée

Pathogènes

Non targeted proteomics

Targeted proteomics

Pathogens

Résumé

L’objectif était de développer de nouvelles approches protéomiques pour l’étude, la prévention ou le diagnostic de maladies infectieuses : borréliose de Lyme (LB), maladies vectorielles à tiques, infections par Pseudomonas aeruginosa. Pour la LB, nous avons identifié des candidats-vaccin, qui ont pu ensuite être testés dans un essai vaccinal chez le chien. Nous avons validé sur une cohorte humaine la protéomique ciblée comme méthode diagnostique de la phase précoce de la LB. L’extension au diagnostic de la phase disséminée est en cours. L’approche de protéomique non ciblée a été étendue aux autres maladies vectorielles à tiques, et a permis d’identifier des marqueurs d’infection active. Enfin, des approches différentielles quantitatives ont permis de comprendre l’adaptation de P. aeruginosa à son environnement, et comment les voies d’acquisition du fer peuvent être exploitées pour développer de nouveaux antibiotiques.

The aim was to develop new proteomic approaches for the study, the prevention or the diagnosis of infectious diseases: Lyme borreliosis (LB), tick-borne diseases (TBD), Pseudomonas aeruginosa infections. In case of LB, we identified vaccine-candidates which have been further evaluated in a vaccine assay in dogs. In a human cohort, we validated targeted proteomics for the diagnosis of the early phase of LB. Application for the diagnosis of the disseminated phase is in progress. For the extension to other TBD, discovery non targeted approaches allowed the identification of active infection markers. Finally, label free approaches highlighted the phenotypical adaptation of P. aeruginosa to its environment, and how iron acquisition pathways can be exploited to develop new antibiotics.