Épidémiologie et sensibilité aux antifongiques des espèces cryptiques d’Aspergillus

Epidemiology and antifungal susceptibility of Aspergillus cryptic species

• Auteur / Autrice : Sébastien Imbert
• Direction : Arnaud Fekkar
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance le 26/10/2020
• Etablissement(s) : Sorbonne université
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Complexité du vivant (Paris)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Centre d'immunologie et des maladies infectieuses (Paris ; 2014-....)
• Jury : Président / Présidente : Patrice Le Pape
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Laurence Delhaes, Renaud Piarroux
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Patrice Le Pape, Marie-Elisabeth Bougnoux

Mots clés

Mots clés contrôlés

Spectrométrie de masse

Aspergillus

Aspergillus

Mots clés libres

Aspergillus

Espèces cryptiques

Résistance aux antifongiques

EUCAST

Spectrométrie de masse MALDI-TOF

Séquençage

Aspergillus

Cryptic species

Antifungal susceptibility

EUCAST

MALDI-TOF mass spectrometry

DNA sequencing

Résumé

Le concept d’espèces cryptiques a révolutionné la taxonomie du genre Aspergillus ces dernières années. Plusieurs dizaines d’espèces peuvent désormais être retrouvées dans des prélèvements d’origine humaine, avec une incidence croissante. Cependant, leur identification précise restant difficile, les connaissances concernant leur pouvoir pathogène et leur sensibilité aux antifongiques demeures incomplètes pour le moment. Le développement récent de l’application en ligne MSI, dédiée à l’identification des microorganismes à partir de leur spectre de masse, a permis de démocratiser l’identification de ces « nouvelles » espèces. La collaboration avec le réseau d’utilisateurs de l’application nous a permis de constituer et d’étudier une importante collection d’isolats cryptiques (390 isolats issus de 69 espèces et 13 sections différentes), combinant une identification moléculaire précise, l’étude des profils de sensibilité aux antifongiques par une méthode de référence et l’implication clinique des isolats. Au cours de ce travail, nous avons mis en évidence des profils de résistance naturelle aux antifongiques, propres à certaines espèces. D’un autre côté, nous avons montré toute la diversité des espèces impliquées en pathologie humaine, dont certaines pour la première fois, ainsi que le tropisme pathogène particulier de quelques espèces. Ce travail nous a donc permis d’améliorer et d’apporter de nouvelles connaissances sur les espèces cryptiques d’Aspergillus et souligne toute l’importance de leur identification précise en pratique clinique. La version 2 de l’application MSI améliorée au cours de cette étude, représente donc un outil simple et puissant pour cela.

In recent years, the cryptic species concept has revolutionized the Aspergillus genus taxonomy. Henceforth, dozens of species could be found in human samples, with an increasing incidence. However, as their identification remains a challenge, few is known regarding their pathogenicity or their antifungal susceptibility. The recent development of the MSI web application dedicated to the microorganism’s identification from their mass spectra, has improved these “new” species identification in numerous centers. The collaboration with this network of users allowed us to collect and study a large collection of cryptic isolates (390 isolates from 69 species and 13 sections), combining an accurate DNA sequence-based identification, the antifungal susceptibility testing by reference method and the clinical involvement. We brought evidence for species-dependent antifungal resistance patterns. We also highlighted the extent of species diversity involved in human disease, including some species never described, and the species-dependent pathogenicity patterns for some species. Thus, this work improved the knowledge on Aspergillus cryptic species and underline the importance of their accurate identification in clinical practice. The new version 2 of the MSI application, upgraded during this study, stand for an easy and powerful tool for this.