Caractérisation des communautés bactériennes et des profils de résistance aux antibiotiques dans le filet de truite arc-en-ciel

Characterization of the bacterial communities and antimicrobial resistance profiles in the rainbow trout fillet

• Auteur / Autrice : Nicolas Helsens
• Direction : Catherine Magras, Ségolène Calvez, Hervé Prevost
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance le 05/11/2020
• Etablissement(s) : Nantes, Ecole nationale vétérinaire
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
• Jury : Président / Présidente : Olivier Grovel
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Catherine Magras, Ségolène Calvez, Hervé Prevost, Olivier Grovel, Sébastien Leclercq
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Sophie Payot-Lacroix, Nathalie Wery

Mots clés

Mots clés libres

Résistance aux antibiotiques

Communautés bactériennes

Résidus d’antibiotiques

Filet de poisson

Profils de résistance

Antimicrobial resistance

Bacterial communities

Antibiotic residues

Fish fillet

Resistance profiles

Résumé

Les aliments d’origine animale joueraient un rôle dans la diffusion de la résistance aux antibiotiques. Le filet frais de poissons d’élevage, dont la consommation est en forte progression, est soumis à des contaminations par les environnements d’élevage et de transformation pouvant influencer son profil de résistance. Cette première caractérisation du profil de résistance du microbiote du filet de truite arc-en-ciel prend en compte différentes situations pouvant faire varier l’exposition des filets. Le microbiote bactérien et son profil de résistance aux antibiotiques d’un panel de 56 échantillons collectés sur sites ont été décrits après que les méthodes d’extraction adaptées à cette matrice complexe et à un niveau de contamination faible aient été calibrées. Si le microbiote constitutif de la truite arc-en-ciel est similaire entre les échantillons, le processus de filetage apparaît comme un facteur de diversité des communautés. Des gènes de résistance ont été détectés en faible nombre dans les filets frais avec une prévalence de 20% ou plus dans la population de poissons du bassin. Leur nature semble être influencée par les traitements antibiotiques antérieurs dont les résidus ont été détectés. Des souches de Pseudomonas ont été isolées, dont certaines présentaient des multirésistances. Le vieillissement des filets voit augmenter le nombre de gènes détectés et l’abondance de bactéries du genre Pseudomonas. Cela pose la question du risque présenté par ces gènes présents mais non détectés dans les filets frais, et de la transmission de déterminants de la résistance aux antibiotiques à d’autres environnements comme le microbiote intestinal du consommateur.

Food of animal origin could play a role in the spreading of antimicrobial resistance. The consumption of fresh farmed fish fillets is increasing, and they can be contaminated by the farming and processing environments, which can modify their antimicrobial resistance profiles. This study is a first characterization of the antimicrobial resistance profiles of the rainbow trout fillet bacterial microbiota. Various situations were considered to study the evolution of the fillets exposure. The bacterial microbiota and antimicrobial resistance profile of 56 farm-collected samples were described after a calibration of recovery and analyses methods adapted to this complex matrix with low contamination levels. The bacterial microbiota is similar between samplesbut the processing step seems to be a diversity factor for the bacterial communities. A low number of antimicrobial resistance genes have been detected with a prevalence of 20% or more in the fish raceway population. They seem to be influenced by the previous antibiotic treatments whose residues were detected. Pseudomonas strains also have been isolated and some harboured multidrug resistance. Spoilage of the fillets increases the amount of detected antimicrobial resistance genes and the abundance of Pseudomonas. This may present a risk as some genes were present but undetected in fresh fillets, which can transfer such genes to other environments such as the consumers’ intestinal microbiota.