Quantification du niveau de contamination de Campylobacter jejuni dans la filière volaille - Influence de la variabilité des souches et de l'histoire cellulaire
Auteur / Autrice : | Benjamin Duqué |
Direction : | Sandrine Guillou, Jeanne-Marie Membré, Nabila Haddad |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Microbiologie |
Date : | Soutenance le 13/03/2020 |
Etablissement(s) : | Nantes, Ecole nationale vétérinaire |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022) |
Jury : | Président / Présidente : Jean-Michel Cappelier |
Examinateurs / Examinatrices : Sandrine Guillou, Jeanne-Marie Membré, Nabila Haddad, Jean-Michel Cappelier, Mickaël Desvaux, Laurent Guillier, Philippe Lehours | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Mickaël Desvaux |
Mots clés
Mots clés libres
Résumé
Campylobacter jejuni est la principale cause d'entérites humaines d'origine bactérienne dans le monde et la volaille est le principal vecteur de contamination. L'objectif principal de cette étude était d'évaluer l'effet du processus d'abattage des volailles sur le comportement de C. jejuni à un stress ultérieur, en tenant compte de la variabilité des souches et de l'influence de l'histoire cellulaire. Certaines étapes clés du processus d'abattage générant un stress chaud et froid ont été reproduites au laboratoire. L'hypothèse était que cette histoire cellulaire pouvait influencer l'inactivation de C. jejuni pendant l'étape ultérieure de stockage au froid. Le niveau de contamination du poulet en Campylobacter chez le consommateur a été estimé et les résultats obtenus satisfont l'objectif de performance définis par l'ICMSF. 11 a été aussi confirmé que l'histoire cellulaire avait un impact sur le comportement de C. jejuni. Les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'histoire cellulaire ont été investigués par RT-qPCR appliquée à 3 souches, dans l'objectif de déterminer des gènes «biomarqueurs». L'expression de ces biomarqueurs permettraient de prédire le comportement ultérieur du pathogène. Utilisant la régression PLS, un modèle prédictif a été bati pour une seule des trois souches de C. jejuni, aboutissant à l'identification de 9 gènes biomarqueurs. La construction d'un modèle généralisable à l'ensemble des souches, basé sur la quantification de l'expression de gènes biomarqueurs, nécessitera d'explorer de nouvelles pistes méthodologiques. Ceci pourrait ouvrir la voie vers une nouvelle génération de modèles d'appréciation du risque.