La coopération, et à travers elle la création et la répartition de la valeur ajoutée dans les systèmes de coopération inter-organisationnelle, est une pratique de plus en plus utilisée par les entreprises et les organisations comme nouvelle conception de leur espace économique. Dans ce contexte, cette nouvelle forme de « l’ordre productif » est un véritable cheval de Troie pour capter, créer et répartir de nouvelles ressources et maintenir les avantages compétitifs. Notre travail de recherche s’intéresse aux situations de coopération inter-organisationnelle (SCIO) et plus particulièrement à la création et à la répartition de la valeur ajoutée (CRVA), dans une acception dédiée au pilotage. Cette thèse repose sur trois études de cas de recherche-intervention socio-économique (un cas longitudinal et deux cas complémentaires), enrichies par des entretiens approfondis avec leurs dirigeants. Elle étudie le pilotage de CRVA-SCIO pour comprendre les logiques de construction et d’organisation des situations de coopération, elle explicite la mesure et l’évaluation de la performance individuelle et collective et propose un modèle de pilotage opérationnel, connecté à toutes les interfaces, œuvrant selon une approche décloisonnée et proposant des outils et des indicateurs innovants pour rendre la coopération performante et pérenne. L'enjeu de notre recherche est tout d'abord au niveau académique d'apporter une contribution à l'évolution théorique du contrôle de gestion des systèmes inter-organisationnels. Ensuite, au niveau managérial, d'apporter une contribution aux dirigeants et encadrants en termes de fonctionnement pour rénover et développer leur système de pilotage des configurations inter-organisationnelles.