Thèse soutenue

Histoire évolutive des symbioses entre les microsporidies et leurs hôtes amphipodes : contribution de l’étude de deux hôtes sur leurs aires de repartion géographiques.
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Auteur / Autrice : Adrien Quiles
Direction : Thierry RigaudRémi WattierRémi WattierKarolina Bacela
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie des populations et écologie
Date : Soutenance le 13/12/2019
Etablissement(s) : Bourgogne Franche-Comté en cotutelle avec Uniwersytet łódzki
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Biogéosciences (Dijon) - Biogéosciences [Dijon] / BGS
Jury : Président / Présidente : Jerzy Banbura
Examinateurs / Examinatrices : Didier Bouchon, Łukasz Kajtoch, Isabelle Florent

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Titre: Histoire évolutive des symbioses entre les microsporidies et leurs hôtes amphipodes: contribution de l’étude de deux hôtes sur leurs aires de repartion géographiques.Mots clés: Symbioses, phylogénie, phylogéographie, amphipodes, hôte parasite, microsporidies.Résumé: Les microsporidies sont des endoparasites obligatoires, ils utilisent deux modes de transmission pour expoiter leurs hotes. Certaines espèces utilisent la transmission verticale et d'autres la transmission horizontale. La première favorise la co-spéciation et la spécificité hôte-parasite, tandis que la seconde favorise les échanges de parasites entre espèces hôtes. Les amphipodes d'eau douce sont des hôtes privilégiers pour de nombreuses espèces de microsporidies, mais aucun schéma général de spécificité hôte-parasite ou de co-diversification n’émerge des recherches menées depuis trente ans.Dans ce travail, la diversité des infections microsporidiennes, sur la base des données SSU rdNA, ont été évaluées dans deux complexes d'espèces de Gammarus, G. roeselii et G. balcanicus, sur l'ensemble de leur aire de répartition géographique, en s'appuyant sur des efforts d'échantillonnage importants (environ 100 sites et 2 000 individus). L’objectif de ce doctorat est (i) d’explorer la diversité microsporidienne présente dans les deux hôtes et leurs relations phylogénétiques; (ii) vérifier si la phylogéographiques de l'hôte peut expliqué l'association hôte-parasite (co-diversifications ou récents aquisition a partir de la faune locale); (iii) proposer des scénarios d'histoire évolutive hôte-parasite pour expliquer la diversité et le schéma co-bio-géographique observé chez les deux espèces hôtes chez N. granulosis.Le marqueur SSU d’ADNr a révélé un grand nombre de variants chez ces deux hôtes (c’est-à-dire 24 et 54 haplogroupes de, respectivement), regroupés en 18 taxons d’espèces, presque tous partagés entre les deux espèces hôtes. De nombreux haplogroupes de microsporidia appartenant à une espèce parasite donnée sont spécifiques à l'hôte, ce qui suggère un certain niveau de codiversification à cette échelle. Au sein de chacun des complexes d'espèces hôtes, la confrontation des phylogéographies des hôtes et des parasites suggère également un certain degré de co-diversification. Ceci reste néanmoins à confirmer, principalement parce que l'ADNr SSU atteint ses limites en termes d'informations phylogénétiques à cette échelle plus fine.Il est frappant de constater que presque tous ces taxons de microsporidia mis en évidence dans ce travail avaient déjà été détectés chez d’autres gammaridés. Certains étaient déjà des taxons parasites clairement identifiés associés aux amphipodes: Nosema granulosis, Dictyocoela roeselum, D. muelleri, D. roeselum, D. duebenum, D. berillonum, Cucumispora roeselum, C. ornata, Microsporidium sp 515 et Microsporidium sp 505). Mes résultats ont élargis les spectres taxonomiques d’hôte et les répartitions géographiques de ces parasites (souvent très étendues). Certains autres taxons étaient connus pour être extrêmement rares, et ne sont pas complètement décrits. Mon travail de doctorat a également étendu le spectre taxonomique d’hôte et / ou élargi considérablement les aires géographiques de ces taxons. Cela permet une réévaluation de ces taxons, faisant passer leur statut d'associations anecdotiques à des associations potentiellement bien établies, mais jusque là négligées, chez les amphipodes.