Une nouvelle voie de déposition de H2A.Z impliquant l'hétérodimère Ku70/Ku80'

A novel H2A.Z deposition pathway involving the Ku70/Ku80 heterodimer

• Auteur / Autrice : Arslan Iftikhar
• Direction : Ali Hamiche
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 27/09/2019
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Frédéric Coin
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Ali Hamiche, Frédéric Coin, Dimitar Angelov, Regina Groisman
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Dimitar Angelov, Regina Groisman

Mots clés

Mots clés contrôlés

Expression génique

Épigénétique

Transduction du signal cellulaire

Dimérisation

Histones

Mots clés libres

Etrodimer Ku

Déposition d'histone

Histone variante

H2A.Z/H2B

Chromatine

Ku heterodimer

Histone deposition

Histone variant

H2A.Z/H2B

Chromatin

Résumé

L'hétérodimère Ku, composé des sous-unités Ku70 et Ku80, est un complexe évolutivement conservé jouant un rôle important dans la réparation par NHEJ. L'hétérodimère Ku est un complexe très abondant associé à la chromatine. La façon dont les protéines Ku sont recrutées à la chromatine en l'absence de dommages à l'ADN est encore inconnue. En utilisant une procédure de purification par affinité en tandem, nous avons identifié l'hétérodimère Ku comme l'un des composants majeurs du complexe de prédéposition de H2A.Z. En utilisant la cartographie par délétion, nous avons identifié le domaine vWA de Ku80 comme étant principalement responsable de son interaction avec les dimères H2A.Z/H2B. Cette interaction est essentiellement médiée par H2B en présence de H2A.Z mais pas en présence de H2A ou H2AX. L'analyse de la localisation de H2A.Z dans des cellules Ku80-/- par la technique de ChlP-seq montre une déplétion spécifique de H2A.Z au niveau des promoteurs mais pas au niveau des enhancers ou insulateurs. Collectivement, nos données révèlent une nouvelle fonction du complexe Ku dans le mécanisme de déposition de H2A.Z/H2B au niveau des promoteurs.

The Ku heterodimer, consisting of Ku70 and Ku80 subunits, is an evolutionary conserved complex with a prominent raie in NHEJ repair. The Ku heterodimer is a highly abundant chromatin associated complex. How the Ku proteins are recruited to chromatin in the absence of DNA damage is still unknown. Using tandem-affinity purification procedure, we identified the Ku heterodimer as one of the major component of the H2A.Z predeposition complex. Using deletion mapping, we identified the vWA demain of Ku80 as the primary motif responsible for its interaction with H2A.Z/H2B dimers. This interaction is mediated essentially by H2B in the presence of H2A.Z but not in the presence of H2A or H2AX. Analysis of H2A.Z localization in Ku80-/- cells by chromatin immunoprecipitation followed by sequencing shows specific depletion of H2A.Z from promoters but not from enhancers or insulators. Collectively, our data uncover a navel function of the Ku complex in the mechanism of H2A.Z/H2B deposition at promoters.