Détection des ARNs viraux par Dicer-2 chez la drosophile

Sensing of viral RNAs by Dicer-2 in drosophila

• Auteur / Autrice : Loic Talide
• Direction : Carine Meignin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
• Date : Soutenance le 22/10/2019
• Etablissement(s) : Strasbourg
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Modèles Insectes de l'Immunité Innée (Strasbourg)
• Jury : Président / Présidente : Andreas Pichlmair
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Carine Meignin, Andreas Pichlmair, Martine Simonelig, Todd Blevins, Peter Sarkies
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Andreas Pichlmair, Martine Simonelig

Mots clés

Mots clés contrôlés

Ribonuclease III

Interférence par ARN

Drosophila melanogaster

ARN interférence

Séquençage nucléotidique à haut débit

ARN viral

Mots clés libres

Dicer-2

D. melanogaster

Dicistrovirus

Séquençage à haut débit

Dicer-2

D. melanogaster

Dicistrovirus

High-throughput sequencing

Résumé

Je me suis intéressé au système de défense anti-viral majeur de Drosophila melanogaster qui est la voie du RNA silencing (siRNA). A ce jour, le seul senseur d’acide nucléique viral et activateur de la voie siRNA est Dicer-2. Ainsi, le travail que j’ai effectué́ a permis d’apporter de nouvelles informations concernant la détection des ARNs viraux par Dicer-2. L’utilisation de méthodes de séquençage à haut débit (HTS) des petits ARNs dans des cellules S2 infectées par le Drosophila C Virus (DCV) à des temps précoces m’a permis de proposer un point d’entrée précis et interne de Dicer-2 sur l’ARN double brin de ce dicistrovirus. La validation de ce point faible dans la défense du virus a été effectuée en réalisant un HTS des petits ARNs dans des mouches de différents génotypes infectées avec DCV. J’ai ensuite caractérisé plus en profondeur cette région du génome virale en déterminant tout d’abord sa structure 2D puis sa sensibilité à des clivages médiés par des extraits embryonnaires de mouches. Finalement, l’utilisation de différents variants de Dicer-2 présentant des mutations du domaine DRA m’a permis de proposer un nouveau mécanisme de fonctionnement de cette protéine.

My Ph.D revolved around the study of the major antiviral defense system of Drosophila melanogaster: the siRNA pathway. To date, the only viral nucleic acid sensor and siRNA pathway activator in drosophila is Dicer-2. Thus, the work I have done has provided new information regarding the detection of viral RNAs by Dicer-2. The use of high throughput sequencing (HTS) methods of small RNAs in S2 cells infected with Drosophila C Virus (DCV) at early time points has allowed me to propose a precise and internal entry point for Dicer-2 on the double-stranded RNA of this dicistrovirus. The validation of this weak point in the defence of the virus was carried out by performing an HTS of small RNAs in flies of different genotypes infected with DCV. I then characterized this region of the viral genome in more depth by first determining its 2D structure and then its sensitivity to cleavages mediated by embryonic fly extracts. Finally, the use of different variants of Dicer-2 with mutations in the DRA domain allowed me to propose a new mechanism of action for this protein.