Thèse soutenue

Amélioration de la classification moléculaire des tumeurs hépatocellulaires bénignes : vers la mise en place d’outils diagnostiques
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Auteur / Autrice : Gabrielle Couchy
Direction : Flore Renaud-PaitraJessica Zucman-RossiJean-Charles Nault
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Biologie cellulaire et moléculaire et sciences de la santé
Date : Soutenance le 12/09/2019
Etablissement(s) : Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale de l'École pratique des hautes études (Paris)
Partenaire(s) de recherche : Établissement de préparation de la thèse : École pratique des hautes études (Paris ; 1868-....)
Laboratoire : Centre de recherche des Cordeliers (Paris ; 2007-....)
Jury : Président / Présidente : Sabine Colnot
Examinateurs / Examinatrices : Flore Renaud-Paitra, Jessica Zucman-Rossi, Jean-Charles Nault, Sabine Colnot, Jean-François Fléjou, François Radvanyi, Cédric Coulouarn
Rapporteurs / Rapporteuses : Sabine Colnot, Jean-François Fléjou

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Les adénomes hépatocellulaires (AHC) sont des tumeurs bénignes rares répartit selon la présence de mutations inactivatrices d’HNF1A, de mutations activatrices du gène CTNNB1 codant pour la ß-caténine et l’activation de la voie IL6/JAK/STAT. Toutefois, un faible nombre d’AHC reste sans caractéristiques spécifiques. Nous avons cherché à affiner la classification moléculaire des AHC et à identifier les associations existantes entre les caractéristiques cliniques et moléculaires de chaque sous-groupes d’AHC. Pour cela, un recrutement de 533 AHC pour 411 patients a été réalisé. Nous avions procédé au séquençage des 10 gènes connus pour être mutés dans les AHC, et analysé par RT-PCR quantitative l’expression de 20 gènes significativement déréguler dans les différents groupes moléculaires d’AHC. L’ensemble de ces résultats, a permis de classer les AHC selon leurs altérations génétiques et moléculaires. Cependant, 11% des AHC restaient inclassés (U_HCA). Afin d’identifier les altérations génétiques et moléculaires impliquées dans la tumorigenèse de ces U_AHC, nous avons analysé les profils RNAseq et comparé les profils d’expression de 4 foies normaux et 36 adénomes des différents groupes moléculaires. Une micro délétion du gènes INHBE conduisant à la formation d’un gène fusion entre le gène INHBE et les exons 2 et 4 de du gène GLI1, facteur de transcritption de la voie Hh, a été identifié. Par ailleurs, l’étude GSEA, des gènes spécifiquement surexprimés dans ces AHC a montré un enrichissement des gènes de la voie de la voie Sonic Hedgehog (Hh) dans la moitié des U_HCA étudiés. Nous avons donc identifié un nouveau sous-groupe d’AHC (sh_AHC, 4%), caractérisé par l’activation de la voie Sonic Hedgehog secondaire à la présence d’un gène de fusion INHBE-GLI1. La confrontation des caractéristiques histologiques, cliniques et moléculaires de chacun des 4 groupes d’AHC a permis d’affiner notre connaissance des facteurs de risque, des caractéristiques cliniques, histologiques lié à chaque groupe moléculaire. Nous avons montré que le nouveau sous-groupe d’adénome sh_AHC est associé un à risque plus élevé d’hémorragie histologique et clinique. Une étude protéomique des AHC a proposé ASS1, comme marqueur des AHC présentant un risque élevé d’hémorragie. De manière intéressante, une étude sur la zonation métabolique hépatique, a démontré que ASS1 est un marqueur de la zone périportale du lobule hépatique. Nous avons donc cherché à évaluer l'importance du niveau d’expression du gène ASS1 dans la classification moléculaire des AHC et son implication suite à l’activation de la voie Hh. Dans notre série d’AHC, nous avons montré que le niveau d’expression d’ASS1 appartenait au programme d'expression périportal qui était maintenu dans sh_AHC tandis que dans les autres sous-types de AHC, il été sous-exprimé. De plus en opposition au sh_AHC, nous avons montré l’activation du programme périveineux dans les b_AHC activés pour la voie Wnt/ β-catenin car la voie est connue pour être impliqué dans le zonation hépatique et dans le maintien du niveau d’expression des gènes du réseau périveineux. Nous avons effectué une étude fonctionnelle en transfectant des lignées cellulaires soit en inhibant l’expression du gène GLI1. L’inhibition par siRNA de l’expression du gène GLI1 dans les lignées cellulaires, induit une régulation négative du gène ASS1. Cette étude montre l’importance de la classification moléculaire des AHC. En effet, l’amélioration de cette classification a conduit à identifier un nouveau groupe d’AHC, les sh_AHC, adénomes présentant un risque hémorragique. Cette découverte souligne pour la première fois l’implication de la voie Sonic Hedgehog dans la tumorigénèse hépatique bénigne et dans la zonation hépatique chez l’homme. L’identification de ces tumeurs permettra de proposer des prises en charge à la carte adaptée au profil moléculaire des tumeurs en pratique clinique.