Les premiers stades de vie des poissons dans le SO de Madagascar : éléments pour une meilleure connaissance de la biodiversité et une meilleure gestion des ressources exploitées

The early life stages of fish in SW Madagascar : elements for a better knowledge and a better management of exploited resources

• Auteur / Autrice : Henitsoa Jaonalison
• Direction : Dominique Ponton, Jamal Mahafina
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des populations
• Date : Soutenance le 28/11/2019
• Etablissement(s) : La Réunion en cotutelle avec Institut halieutique et des sciences marines (Tuléar, Madagascar)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences, Technologies et Santé (Saint-Denis, La Réunion)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Écologie marine tropicale des océans Pacifique et Indien (Réunion)
• Jury : Président / Présidente : Théodore Razakamanana
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Bruno Frédérich, Laure Carassou, Christian Ralijaona
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Eulalie Ranaivoson Rambeloarisoa

Mots clés

Mots clés contrôlés

Pêcheurs

Poissons -- Populations

Pêches -- Gestion

Modèles écologiques

Barcoding (génétique)

Mots clés libres

Petite pêche

Senne de fond et pièges lumineux

Post-larves et juvéniles

Barcoding ADN

Diversité de poisson

Modélisation écologique

Mesures de protection

Sud-Ouest de Madagascar

Small-Scale fishing

Mosquito seine net and light trap

Post-Larvae and juvenile

DNA barcoding

Fish diversity

Ecological modeling

Protection measures

SW Madagascar

Résumé

Les écosystèmes marins qui fournissent de multiples services écosystémiques indispensables au bien-être de l’humanité sont actuellement menacés par la surexploitation des ressources et l’utilisation d’engins destructifs. Ceci conduit à une perte à l’échelle globale de 20% des mangroves, 19% des récifs coralliens et 110 km2 par an des herbiers. Les habitats côtiers qui soutiennent jusqu’à 20% de la production globale de la pêche sont les plus touchés, notamment dans les pays les moins avancés comme Madagascar. Dans ce pays, 87% des écosystèmes récifaux sont menacés, notamment dans le sud-ouest où les petits pêcheurs utilisent des engins prohibés capturant les juvéniles. Une meilleure connaissance de l’écologie des jeunes poissons est donc un point clé pour la mise en place des mesures de gestion efficaces et robustes. D’où l’objet de ce présent travail centré sur les jeunes stades de développement des poissons, identifiés en utilisant le barcoding ADN. Les identifications à l’espèce ont permis de prédire l’approvisionnement en post-larves et de découvrir la variabilité du recrutement en juvéniles qui semble liée à l’altération des apports en post-larves. Au total, 387 espèces ont été observées avec 9 nouvelles espèces pour Madagascar. L’intérêt et les limites du barcoding ADN sont largement discutés (chapitre 1). L’approvisionnement en post-larves a été mieux prédit par les conditions océaniques obtenues par télédétection avec une précision de 60% pour la richesse et 50% pour l’abondance. Pourtant, la performance des modèles pour prédire l’abondance semble influencée par les caractéristiques des masses d'eau qui sont différentes entre les deux sites, tandis que la performance pour prédire la richesse parait similaire entre ces deux sites (chapitre 2). Les conditions océaniques obtenues par télédétection expliquent mieux les assemblages de post-larves. Pourtant, ces conditions océaniques structurent davantage les assemblages de post-larves dans les masses d'eau présentant des caractéristiques d’eaux côtières que ceux dans les eaux présentant des caractéristiques océaniques (chapitre 3). La période de recrutement et les assemblages de juvéniles diffèrent entre les années. Ces variabilités interannuelles ont été aussi observées dans l’approvisionnement en post-larves qui semble conditionné par les variations des conditions océaniques. Ce qui suggère que les altérations des apports en post-larves influencent la distribution temporelle des juvéniles (chapitre 4). Le cas du recrutement des juvéniles de Siganidae, qui semble être fortement en lien avec les apports en post-larves, est développé dans la discussion générale. De même, la localisation des zones de nourriceries a permis de proposer des mesures de gestion tenant compte du contexte local qui sont aussi discutées.

Marine ecosystems which provide multiple ecosystem services essential to human well-being are currently threatened by resources overexploitation and the use of destructive fishing gears. This leads to a global loss of 20% of mangroves, 19% of coral reefs, and 110 km2 per year of seagrass meadows. The coastal habitats that support up to 20% of global fisheries production are the most affected, particularly in least developed countries such as Madagascar. In this country, 87% of coral reef are threatened, particularly in the southwestern part of the island where small-scale fishermen practice juveniles fishing. A better knowledge of the ecology of young fishes is thus a key point for the implementation of effective and robust measures. The present work was centred on early developmental stages of fish identified using DNA barcoding. Identifications to the species level were used to predict the post-larvae supply and to discover the variability in juveniles recruitment that appears to be related to the alteration of post-larvae supply. In total, 387 species have been observed with nine new species for Madagascar. The interests and limitations of DNA barcoding are widely discussed in Chapter 1. Post-larvae supply was better predicted by the remotely sensed oceanic conditions with an accuracy of 60% for species richness and 50% for abundance. However, the performance of models for predicting abundance appears to be influenced by the characteristics of water masses that are different among sites, while the performance of models for predicting species richness appears similar between the sites (discussed in Chapter 2). The remotely sensed oceanic conditions better explained the post-larval fish assemblages. However, these oceanic conditions structure mostly the post-larval fish assemblages in water masses with coastal water characteristics than those in waters with ocean characteristics (discussed in Chapter 3). The period of juvenile recruitment as well as juvenile assemblages differ among years. These interannual variabilities were also observed on post-larvae supply which were conditioned by the interannual variation of oceanic conditions. This suggests that alterations in post-larvae supply influence the temporal distribution of juvenile fish, which is a subject discussed in Chapter 4. The case of Siganidae recruitment, which seems to be strongly linked to post-larvae supply, is developed in the final discussion of this thesis. Likewise, the identification of nursery areas allows to propose management measures to deal with the local context that are also discussed.