Homme, animal, environnement : quel est le principal réservoir d’Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu dans le Sud-Ouest de l’océan Indien ?

par Noellie Gay

Thèse de doctorat en Épidémiologie

Sous la direction de Éric Cardinale.

Soutenue le 27-09-2019

à La Réunion , dans le cadre de École doctorale Sciences, Technologies et Santé (Saint-Denis, La Réunion) , en partenariat avec ASTRE - Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes (Montpellier, Hérault) (laboratoire) , ASTRE (laboratoire) et de cirad (laboratoire) .

Le président du jury était Philippe Gasque.

Le jury était composé de Fabienne Remize, Bich-Trâm Huynh, Philippe Laurent, Olivier Belmonte.

Les rapporteurs étaient Jean-Yves Madec, Marianne Van der Sande.


  • Résumé

    La résistance bactérienne aux antibiotiques impacte la santé humaine, animale et l’agriculture au niveau international. Les Entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE), des bactéries multi-résistantes aux antibiotiques, sont une priorité sanitaire pour le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), à savoir Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion. L’objectif général de cette thèse était d’identifier, parmi les trois compartiments de l’approche One Health (homme, animal, environnement), le principal réservoir d’EBLSE dans le SOOI. La prévalence d’EBLSE a été estimée pour chaque compartiment pris indépendamment (approche sectorielle) et par une approche holistique les connectant spatialement et temporellement. Ces deux approches ont permis d’identifier les animaux d’élevage comme le probable réservoir principal d’EBLSE dans le SOOI. L’approche holistique suggère une perméabilité des trois compartiments à Madagascar. Si l’hypothèse d’un réservoir majeur d’EBLSE chez les animaux d’élevage est plausible, sa contribution à la colonisation humaine pourrait varier entre les territoires du SOOI. En effet, l’exposition de l’homme à ce réservoir pourrait être limitée pour les territoires à revenu élevé (Seychelles, La Réunion) mais substantielle pour les territoires à revenu faible (Madagascar, Union des Comores), particulièrement en l’absence de sécurité des aliments, de système d’assainissement et d’accès à l’eau potable. Quantifier la contribution relative du compartiment animal d’élevage dans la colonisation par les EBLSE de l’homme en population générale dans les pays à faible revenu constitue un axe de recherche essentiel. De ces connaissances découlera une meilleure adaptation des stratégies de contrôle de l’antibiorésistance dans le SOOI et plus généralement dans les territoires à faible revenu qui pourraient être des amplificateurs de ce phénomène sanitaire.

  • Titre traduit

    No English title available


  • Résumé

    Bacterial antibiotic drug resistance is a worldwide health issue affecting human, animal, and agriculture. Extended-spectrum bêta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-E), mutidrug-resistant bacteria, are a main health priority for the South-western Indian Ocean (SWIO) composed of islands (i.e. Madagascar, Maurice, Mayotte, Les Seychelles, l’Union des Comores et La Réunion). The main objective of this PhD thesis was estimating the ESBL-E prevalence in the three « One Heath approach » compartments (human, animal, environment) in order to identify the main ESBL-E reservoir in IO. This prevalence was independently estimated for each compartment by a sectorial approach and by a holistic approach connecting all compartments spatially and temporally.Both approaches suggest that livestock could be the main ESBL-E reservoir in IO and point out permeability between these three compartments in Madagascar. If the idea of a main reservoir of ESBL-E in livestock seems plausible, its contribution to human colonisation could differ between SWIO territories. Indeed, human direct and/or undirect exposure to this reservoir could be reduced in high-income countries (i.e. Seychelles, La Réunion) but significant for low-income countries (i.e. Madagascar, Union des Comores). In the absence, or reduced application, of food safety, sanitation, and drinking water access, the exposure to ESBL-E from livestock could be substantial in SWIO low-income countries. Consequently, the relative contribution of livestock in human ESBL-E subsequent colonisation could be significant in low-income countries but currently understudied. Research on that topic should strengthen antibiotic drug resistance control measures in low sanitation contexts.


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