Thèse soutenue

Exploitation du potentiel des bactériophages dans le traitement des surfaces en contact avec l'eau, contaminées par un biofilm de P. aeruginosa
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Auteur / Autrice : Vanessa Magin
Direction : Yves Andres
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génie des Procédés et Bioprocédés
Date : Soutenance le 06/09/2019
Etablissement(s) : Ecole nationale supérieure Mines-Télécom Atlantique Bretagne Pays de la Loire
Ecole(s) doctorale(s) : Sciences de l'ingénierie et des systèmes (Centrale Nantes)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Traitement Eau Air Métrologie - Département Systèmes énergétiques et environnement - Génie des Procédés Environnement – Agroalimentaire (GEPEA) (Saint-Nazaire)
Jury : Président / Présidente : Pierre Le Cann
Examinateurs / Examinatrices : Yves Andres, Djamel Drider, Didier Hocquet, Nathalie Van der Mee, Nathalie Garrec
Rapporteurs / Rapporteuses : Djamel Drider, Didier Hocquet

Mots clés

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Résumé

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P. aeruginosa fait partie des bactéries classées comme multirésistantes. Ce bacille est un agent pathogène opportuniste susceptible d’être présent dans les réseaux d’eau. Les contaminations sont souvent localisées au niveau des points d’usage et sont à l’origine de risques sanitaires et économiques pour les établissements de santé et les industries. Bien que différents procédés de traitements soient couramment appliqués certaines contaminations persistent sous la forme de biofilm et altèrent la qualité de l’EDCH, tout en devenant un potentiel réservoir de dissémination. L’absence de traitements efficaces et l’impact négatif des biocides sur l’environnement sont en faveur du développement de nouvelles alternatives. Les bactériophages sont exclusivement des virus de bactéries. Ces prédateurs naturels sont omniprésents dans l'environnement, ce qui nous permet de disposer d'une grande diversité et ont l’avantage des’auto-répliquer en présence de leur hôte. Dans ce contexte, cette étude évalue le potentiel de ces virus en tant qu'agents de biocontrôle pour éliminer les biofilms de P. aeruginosa. Neuf souches de P. aeruginosa, incluant la souche référence PAO1 et des souches environnementales, ont été utilisées pour étudier l'activité de neuf phages appartenant à la famille des Caudovirales. Un screening a été réalisé permettant par la méthode des spots test de sélectionner les phages les plus efficaces et les souches sensibles. Les bactéries ont ensuite été cultivées dans un milieu mineral minimum et l'efficacité des phages a été étudiée sur une culture exponentielle. Le suivi de la densité optique a permis de mettre évidence trois profils d’activités différents. Sur la base de ces résultats, deux phages et deux souches ont été conservés pour réaliser des tests sur des biofilms de 24 h implantés à la surface de coupons en INOX, représentatif des surfaces industrielles ou thermales. L’efficacité du traitement par les phages durant 14 h a été évaluée par qPCR viable. Une réduction maximale de 1,7 équivalent Log UFC.cm2 /coupon a été obtenu selon le couple étudié. Les résultats mettent également en avant une répartition des phages en faveur des cellules planctoniques, contrôlant ainsi efficacement la dissémination du biofilm dans l’environnement. Cette étude met en évidence une action des phages qui est dépendante de la souche de P. aeruginosa ainsi que de l'état physiologiques des cellules (planctoniques ou sessiles) ce qui rend difficile l’élimination d’un biofilm, même jeune. Dans le but d’améliorer l’infection de ces structures il pourrait être envisagé d'associer l'activité de plusieurs phages dans un cocktail ou de les combiner à d'autres molécules d’intérêts.