Thèse soutenue

Etudes des interactions entre virus et hôtes archéens hydrothermaux hyperthermophiles
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Auteur / Autrice : Sarah Thiroux
Direction : Claire Geslin
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Microbiologie
Date : Soutenance le 16/12/2019
Etablissement(s) : Brest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Sciences de la mer et du littoral (Plouzané)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmes (Plouzané, Finistère)
Jury : Président / Présidente : Christopher Payan
Examinateurs / Examinatrices : Claire Geslin, Christopher Payan, Paulo Tavares, Jacques Oberto, Aurore Gorlas, Ariane Bize, Patrick Forterre
Rapporteurs / Rapporteuses : Paulo Tavares, Jacques Oberto

Résumé

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Malgré l’importance des virus dans la diversité, l’adaptation et l’évolution des communautés microbiennes, la virosphère des sources hydrothermales océaniques, reste peu caractérisée.Seulement 10 virus, dont 8 bacteriovirus et 2 virus d’archées, ont été décrits à ce jour. C’est dans ce contexte que ce travail de thèse s’inscrit avec pour objectif de caractériser des archaeovirus isolés de la composante microbienne abyssale. Les études ont porté sur des virus de méthanogènes, des producteurs primaires abondants dans ces environnements hydrothermaux. MFV1, premier virus tête-queue hyperthermophile décrit, a été isolé de Methanocaldococcus fervens une méthanogènehyperthermophile issue de sédiments marins profonds. Une caractérisation fonctionnelle et génomique de ce nouveau siphovirus a été conduite.Le caractère infectieux des virions a été démontré sur des Methanocaldococcus. Le plasmide pMEFER01, porté par M. fervens, peut également être empaqueté dans les capsides virales. L’étude d’autres virus de méthanogènes hyperthermophiles hydrothermales a été amorcée. M. vulcanius produit des virions tête-queue tandis que ceux isolés de M.jannaschii ont une morphologie particulière (tigeboucles).En parallèle, l’étude d’un virus en forme de citron, infectant Thermococcus thioreducens, a permis de s’intéresser à un autre ordre archéen, bien représenté au sein des systèmes hydrothermaux marins. De façon surprenante, ce virus semble capable d’infecter des méthanogènes. La mise en évidence de nouveaux systèmes hôtes-virus mais également d’interactions avec différents éléments génétiques mobiles (plasmides, vésicules) a permis d’élargir les connaissances sur le mobilome abyssal.