Rôles de l’environnement et des contacts intra et interspécifiques dans la transmission de Mycobacterium bovis dans le système bovins-blaireaux en Pyrénées-Atlantiques – Landes

Roles of Environment and Intra and Interspecific Contacts in the Mycobacterium Bovis Transmission within the Badger-Cattle System in Pyrénées-Atlantiques – Landes

• Auteur / Autrice : Malika Bouchez-Zacria
• Direction : Benoît Durand
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Santé publique - épidémiologie
• Date : Soutenance le 17/12/2018
• Etablissement(s) : Université Paris-Saclay (ComUE)
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Santé Publique (Le Kremlin-Bicêtre, Val-de-Marne ; 2015-...)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de santé animale (Maisons-Alfort, Val de Marne)
• Partenaire(s) de recherche : établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019)
• Jury : Président / Présidente : Laurence Meyer
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Benoît Durand, Laurence Meyer, Emmanuelle Fromont, Elisabeta Vergu, Alexandre Caron, Stéphanie Desvaux, Aurélie Courcoul-Lochet
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuelle Fromont, Elisabeta Vergu

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bovins

Blaireau européen

Mycobacterium bovis

Mots clés libres

Mycobacterium bovis

Bovins

Blaireau

Interface

Analyse réseau

Modélisation dynamique

Mycobacterium bovis

Cattle

Badger

Interface

Network analysis

Dynamic modelling

Résumé

En France, pays officiellement indemne de tuberculose bovine depuis 2001, l’infection persiste dans certaines zones, dont les Pyrénées-Atlantiques-Landes, où les niveaux d’infection observés chez les bovins et les blaireaux font craindre un fonctionnement particulier de ce système multi-hôtes pour Mycobacterium bovis, agent de la tuberculose bovine. L’objectif de cette thèse a été de mieux comprendre les mécanismes de transmission de M. bovis au sein du système bovins-blaireaux dans cette zone. L’analyse statistique du risque d’infection localement concomitante chez les blaireaux et les bovins a montré l’importance de variables environnementales liées à la survie de la bactérie dans le sol, telles que le microrelief et le pourcentage de sable dans le sol de surface, ainsi que celle de variables associées aux mouvements des blaireaux. L’analyse du réseau de contacts entre élevages bovins, incluant des contacts directs liés au commerce ou au voisinage au pâturage et des contacts indirects induits par un voisinage avec des domaines vitaux de blaireaux, a montré l’aspect multifactoriel de la transmission de M. bovis entre élevages. Enfin, la modélisation dynamique de la transmission de M. bovis dans le système bovins-blaireaux a suggéré une interface asymétrique entre blaireaux et bovins dans notre zone d’étude, les terriers étant pour la plupart infectés suite à l’exposition des blaireaux à une pâture dont le sol était contaminé par un bovin infectieux, alors que les modes de contamination des élevages se partageaient entre l’exposition des bovins à un élevage infectieux voisin de pâture, et la contamination de ces pâtures par un blaireau infectieux. La validation du modèle dynamique proposé doit encore être poursuivie. L’ensemble de nos résultats permet cependant de conclure à l’importance de prendre en compte tous les mécanismes de propagation dans la lutte contre la tuberculose bovine dans la zone. Le modèle développé est destiné à devenir un outil permettant de préciser les rôles épidémiologiques des bovins et des blaireaux et de simuler différentes stratégies de contrôle, pouvant inclure la vaccination des blaireaux.

France is officially free from bovine tuberculosis since 2001, but this infection is still persistent in some areas, including Pyrénées-Atlantiques - Landes. There, both cattle and badgers were found infected, suggesting that this multi-host system might have a particular functioning regarding Mycobacterium bovis (the main agent for bovine tuberculosis in France) transmission. The objective of the thesis was to better understand M. bovis transmission mechanisms throughout the badger-cattle system in this area. The statistical analysis of the local risk of the badger and cattle concomitant infection showed the importance of environmental variables such as microrelief and sand proportion of the topsoil as well as variables depicting badger movements. The analysis of the contact network between farms (that included direct contacts due to trade and to neighbouring pastures and indirect contacts due to the vicinity with badger home ranges) showed a multifactorial aspect of the transmission between farms in our study area. Finally, the dynamic modelling of M. bovis transmission throughout the badger-cattle system suggested an asymmetric interface where the infection of badgers due to soil contaminated by infected cattle was predominant, whereas, for the infection of cattle, the soil contaminated by infected badgers had a similar importance as the presence of infectious cattle on the neighbouring pastures. Our dynamic model validation should be continued. Nevertheless, our whole range of results underlined the importance of targeting all transmission mechanisms for infection control. The model we proposed is a tool designated to assess both cattle and badgers’ epidemiological roles as well as to simulate different control strategies, that could include badgers’ vaccination.