Thèse soutenue

Intégration de données de séries temporelles phosphoprotéomiques dans des réseaux de connaissances antérieurs
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Auteur / Autrice : Misbah Razzaq
Direction : Jérémie BourdonCarito Guziolowski
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Informatique
Date : Soutenance le 05/12/2018
Etablissement(s) : Ecole centrale de Nantes
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Mathématiques et sciences et technologies de l'information et de la communication (Rennes)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes
Jury : Président / Présidente : Frédéric Saubion
Examinateurs / Examinatrices : Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski, Frédéric Saubion, Céline Rouveirol, Thomas Sauter, Sara-Jane Dunn, Sabine Pérès
Rapporteurs / Rapporteuses : Céline Rouveirol, Thomas Sauter

Résumé

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Les voies de signalisation canoniques traditionnelles aident à comprendre l'ensemble des processus de signalisation à l'intérieur de la cellule. Les données phosphoprotéomiques à grande échelle donnent un aperçu des altérations entre différentes protéines dans différents contextes expérimentaux. Notre objectif est de combiner les réseaux de signalisation traditionnels avec des données de séries temporelles phosphoprotéomiques complexes afin de démêler les réseaux de signalisation spécifiques aux cellules. Côté application, nous appliquons et améliorons une méthode de séries temporelles caspo conçue pour intégrer des données phosphoprotéomiques de séries temporelles dans des réseaux de signalisation de protéines. Nous utilisons une étude de cas réel à grande échelle tirée du défi HPN-DREAM BreastCancer. Nous déduisons une famille de modèles booléens à partir de données de séries temporelles de perturbations multiples de quatre lignées cellulaires de cancer du sein, compte tenu d'un réseau de signalisation protéique antérieur. Les résultats obtenus sont comparables aux équipes les plus performantes du challenge HPN-DREAM. Nous avons découvert que les modèles similaires sont regroupés dans l'espace de solutions. Du côté informatique, nous avons amélioré la méthode pour découvrir diverses solutions et améliorer le temps de calcul.