Thèse soutenue

Caractéristiques génomiques du genre fongique Mucor et évolution adaptative liée à différents modes et conditions de vie au sein du genre
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Auteur / Autrice : Annie Lebreton
Direction : Georges Barbier
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génétique, génomique, bioinformatique
Date : Soutenance le 20/12/2018
Etablissement(s) : Brest
Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes ; 2016-2022)
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire universitaire de biodiversité et écologie microbienne
Jury : Président / Présidente : Gwenaelle Le Blay Laliberte
Examinateurs / Examinatrices : Georges Barbier, Gwenaelle Le Blay Laliberte, Joëlle Marie Dupont, Philippe Silar, Jeanne Ropars, Riccardo Baroncelli
Rapporteurs / Rapporteuses : Joëlle Marie Dupont, Philippe Silar

Mots clés

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Mots clés contrôlés

Résumé

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Le genre Mucor appartient au phylum des Mucoromycota, un groupe issu de l’une des lignées ayant divergé très tôt dans l'évolution des espèces fongiques (early diverging lineages). Ces groupes restent encore très peu connus par rapport aux Ascomycètes et Basidiomycètes. Le genre Mucor est un genre d'espèces saprophytes, avec cependant une certaine diversité au niveau du mode de vie. Il existe en effet au sein du genre, des endophytes de plantes (comme M. endophyticus) ou encore des pathogènes opportunistes d'animaux (comme les espèces thermophiles M. circinelloides ou M. indicus). Le genre est ubiquiste mais il existe des associations à certains habitats qui semblent dénoter une certaine spécialisation. L’objectif de cette thèse était de mieux connaître les potentialités génétiques du genre Mucor lui permettant ce mode de vie ubiquiste, son potentiel d'adaptation mais également de mieux comprendre l'existence au sein du genre d'espèces semblant s'être spécialisées en colonisant préférentiellement ou exclusivement certains habitats comme le fromage. Afin d'atteindre cet objectif des études transcriptomiques et génomiques comparées ont été menées dans le cadre de cette thèse, afin de déterminer les principales caractéristiques des génomes de Mucor aussi bien structurelles que fonctionnelles, identifier les similitudes au niveau des espèces étudiées et aussi leur spécificités et en fonction des modes de vie/habitats et déterminer s'il existe chez les espèces fréquemment rencontrées dans les fromages (et notamment pour celles considérées comme technologiques) des traces d'adaptation voire de domestication.