Examen des rickettsioses et autres causes de fièvre aigüe indifférenciée au Vietnam

Investigation of rickettsioses and other causes of acute undifferenciated fever in Vietnam

• Auteur / Autrice : Nhiem Le Viet
• Direction : Philippe Parola
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Pathologie humaine. Maladies infectieuses
• Date : Soutenance le 23/11/2018
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Vitrome (Marseille)
• Jury : Président / Présidente : Joana Vitte
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Joana Vitte, Emmanuel Bottieau, Denis Malvy, Nicholas Day
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Emmanuel Bottieau, Denis Malvy

Mots clés

Mots clés contrôlés

Rickettsioses

Typhus murin

diagnostic

Fièvre fluviale du Japon

Techniques de génotypage

Orientia tsutsugamushi

ADN bactérien

épidémiologie

Vietnam

Mots clés libres

Rickettsies

Acute undifferentiated fever

Rickettsial infections

Etiologies

Causes

Vietnam

Résumé

Les infections rickettsiales et la fièvre aiguë indifférenciée (FAI) sont des problèmes de santé publique importants sous les tropiques. Ce projet a été réalisé dans le but d'explorer les agents de rickettsies et autres étiologies de la FAI au Vietnam.Dans la première cohorte de 67 participants se concentrant sur les patients cliniquement suspectés de typhus des broussailles, le diagnostic de typhus des broussailles a été confirmé pour 32 patients (47,8%) par qPCR ou IFA. Parmi les 20 patients pour lesquels des escarres et du sang total ont été obtenus, 17 (85%) des échantillons d'escarre et 5 (25%) des échantillons de sang total étaient positifs pour O. tsutsugamushi par qPCR. L'analyse génétique des séquences du gène TSA 56-kDa a démontré que les 14 séquences étaient apparentées à 4 génotypes: Karp, Kawasaki, Gilliam (JG-v et TG-v) et TA716. Ensuite, une analyse prospective des étiologies de la FAI au Vietnam a été réalisée avec 378 patients adultes fébriles (FAIs) et 384 patients adultes fébriles (Contrôles). L'étiologie la plus courante était le virus de la grippe (20,9% dans les FAIs versus 0% dans les Contrôles), suivi des rickettsies (11,11% vs 0,26%), virus de la dengue (7,67% vs 0,52%), Leptospira (4,76% vs 0,78%), adénovirus (4,76% vs 1,04%) et entérovirus (2,12% vs 0%) (p<0,05).Par conséquent, de telles données sur les rickettsies et autres étiologies obtenues au Vietnam pourraient être très utiles pour l’établissement d’une méthode d’approche pour les patients atteints de FAI dans les aspects de diagnostic, de gestion et de prévention au Vietnam et dans les régions tropicales dans l'avenir.

Rickettsial infections and acute undifferentiated fever (AUF) are the important public health issues in the tropics. This project was performed with the aim to explore the rickettsial agents and other etiologies of AUF in Vietnam. In the first 67-participant cohort of patients who were clinically suspected of having scrub typhus, 32 (47.8%) patients were confirmed as scrub typhus by either qPCR or IFA. Among the 20 patients for whom both eschar and whole blood were obtained, 17 (85%) of the eschar specimens and 5 (25%) of the whole blood specimens tested positive for O. tsutsugamushi by qPCR. Genetic analysis of the 56-kDa TSA gene sequences demonstrated that the 14 sequences were related to 4 groups: Karp, Kawasaki, Gilliam (JG-v and TG-v) and TA716.Subsequently, a prospective case-control analysis of the etiologies of AUF in Vietnam was performed. A total of 378 febrile adult patients (AUFs) and 384 afebrile adult patients (Controls) were enrolled. The most common etiology was influenza virus (20.9% in AUFs versus 0% in Controls), followed by rickettsial agents (11.11% in AUFs versus 0.26% in Controls), dengue virus (7.67% vs 0.52%), Leptospira (4.76% vs 0.78%), adenovirus (4.76% vs 1.04%), and enterovirus (2.12% vs 0%) (p<0.05). Consequently, such data of rickettsial agents and other etiologies in Vietnam obtained from this project are extremely useful in guiding the diagnosis, management and preventive-health methods for patients with AUF in the future in Vietnam as well as in the tropics worldwide.