Description de l'architecture du chromosome X pendant le développement préimplantatoire de souris
Auteur / Autrice : | Noémie Ranisavljevic |
Direction : | Edith Heard, Catherine Patrat |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences de la vie et de la santé |
Date : | Soutenance le 14/12/2017 |
Etablissement(s) : | Université Paris-Saclay (ComUE) |
Ecole(s) doctorale(s) : | École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants |
Partenaire(s) de recherche : | Laboratoire : Génétique et biologie du développement (Paris ; 2009-....) - The Babraham Institute |
établissement opérateur d'inscription : Université Paris-Sud (1970-2019) | |
Jury : | Président / Présidente : Pierre Capy |
Examinateurs / Examinatrices : Edith Heard, Catherine Patrat, Pierre Capy, Nathalie Beaujean, Wouter De Laat, Bernard de Massy, Daan Noordermeer | |
Rapporteurs / Rapporteuses : Nathalie Beaujean, Wouter De Laat |
Mots clés
Résumé
La structure tridimensionnelle du génome semble avoir un rôle important dans la régulation de l'expression des gènes. Récemment, l'essor de nouvelles et nombreuses techniques permettant de capturer et séquencer les interactions entre différentes régions du génome (voire du génome entier) a révolutionné notre vision de l'organisation du génome. Plusieurs niveaux d'organisation ont été décrits et plus particulièrement les TADs (Topologically Associating Domains) à l'échelle du mégabase. Ces derniers représentent des domaines d'interactions préférentielles au sein du chromosome à l'échelle du mégabase et pourraient opérer en tant qu'unité régulatrice de l'expression des gènes contenus dans ces domaines. Bien qu'ils soient conservés, par exemple entre l'homme et la souris, mais également au cours de la différenciation, des modifications majeures de conformation ont lieu lors de certains évènements tels que l'inactivation du chromosome X. Ce phénomène épigénétique permet la compensation de dose chez les femelles mammifères, où l'un des deux chromosomes X est rendu silencieux. La structure du X inactif est extrêmement différente de celle du X actif avec une perte globale de la structure locale en TADs et la formation de deux larges domaines, appelés mégadomaines. L'objectif de ma thèse a été d’explorer l’architecture du génome après la fécondation, et plus particulièrement la structure du chromosome X, au moment où l’embryon nouvellement formé reprogramme sa chromatine, devient totipotent et active son propre génome. Chez la souris, cette réorganisation structurelle et fonctionnelle coïncide avec l’inactivation soumise à l’empreinte du chromosome X chez les femelles. Grâce à deux techniques complémentaires, le DNA FISH 3D avec imagerie à haute résolution et le HiC sur cellule unique et allèle-spécifique, j’ai décrit la dynamique de la ré-organisation du génome en embryon pré implantatoire, à cette période d’activation du génome embryonnaire. Par ailleurs, j’ai caractérisé les changements de structure du chromosome X paternel au cours de son inactivation. Cette étude détaille la dynamique spatio-temporelle du génome, et plus spécifiquement du chromosome X au cours de son inactivation, dans l’embryon précoce et élargit ainsi notre compréhension du lien entre la structure et la régulation transcriptionnelle au cours des premières étapes du développement embryonnaire suivant la fécondation.